Question

我试图从蛋白质数据库文件（PDB）中找到3D对象之间的距离。 PDB文件看起来像这样。

示例：

ATOM      1  N   GLU    1     -19.992  -2.816  36.359  0.00  0.00      PROT
ATOM      2  HT1 GLU    1     -19.781  -1.880  35.958  0.00  0.00      PROT
ATOM      3  HT2 GLU    1     -19.713  -2.740  37.358  0.00  0.00      PROT
ATOM      4  HT3 GLU    1     -21.027  -2.910  36.393  0.00  0.00      PROT
ATOM      5  CA  GLU    1     -19.344  -3.944  35.652  0.00  0.00      PROT
ATOM      6  HA  GLU    1     -19.817  -4.852  35.998  0.00  0.00      PROT
ATOM      7  CB  GLU    1     -19.501  -3.795  34.119  0.00  0.00      PROT

我正在尝试将 x 坐标的第一行5位数字转换为数组。最后一列显示PROT稍后会在PDB文件中更改为MEM1。我试图通过将MEM1 x 坐标放入两个数组中来减去所有Prot x 坐标。

我目前有：

#!/usr/bin/perl

use warnings;

my $inputfile = '8ns_emb_alt_101.pdb';

open( INPUTFILE, "<", $inputfile ) or die $!;

my @array = <INPUTFILE>;

$protein = 'PROT';

for ( $line = 0; $line <= $#array; ++$line ) {
    if ( $array[$line] =~ m/\s+$protein\s+/ ) {
        chomp $array[$line];
        @splitline = ( split /\s+/, $array[$line] );
        @protx = $splitline[5];
    }    #if 1
}    # for 1

print "@protx \n";
print "$splitline[5] \n";

@protx和$splitline[5]打印的唯一内容是PDB的PROT部分的最后一个 x 坐标。我需要所有这些都打印出来。我的总体目标是通过使用PROT找到蛋白质MEM的每个原子与膜d = sqrt((deltaX)^2+(deltay)^2+(deltaz)^2)的每个原子之间的距离。然后当d < 5时，它将打印resID，在这种情况下为1，与GLU对应。

Answer 1

而不是为数组赋值（实际上将其赋值给第一个元素，覆盖先前赋值的值）

@protx = $splitline[5];

将值推入其中：

push @protx, $splitline[5];

从文件中的数据制作数组并减去它们

1 个答案: