Question

我在R中有一个如下所示的data.frame：

      score    rms  template   aln_id       description
1  -261.410  4.951 2f22A.pdb  2F22A_1 S_00001_0000002_0
2  -231.987 21.813 1wb9A.pdb  1WB9A_4 S_00002_0000002_0
3  -263.722  4.903 2f22A.pdb  2F22A_3 S_00003_0000002_0
4  -269.681 17.732 1wbbA.pdb  1WBBA_6 S_00004_0000002_0
5  -258.621 19.098 1rxqA.pdb  1RXQA_3 S_00005_0000002_0
6  -246.805  6.889 1rxqA.pdb 1RXQA_15 S_00006_0000002_0
7  -281.300 16.262 1wbdA.pdb 1WBDA_11 S_00007_0000002_0
8  -271.666  4.193 2f22A.pdb  2F22A_2 S_00008_0000002_0
9  -277.964 13.066 1wb9A.pdb  1WB9A_5 S_00009_0000002_0
10 -261.024 17.153 1yy9A.pdb  1YY9A_2 S_00001_0000003_0

我可以像这样计算data.frame的摘要统计信息：

> tapply( d$score, d$template, mean )
1rxqA.pdb 1wb9A.pdb 1wbbA.pdb 1wbdA.pdb 1yy9A.pdb 2f22A.pdb 
-252.7130 -254.9755 -269.6810 -281.3000 -261.0240 -265.5993

有一种简单的方法可以将此输出强制转换回data.frame吗？我希望它有这两列：

d$template
mean

我喜欢tapply，但是现在我正在剪切并将结果从tapply粘贴到一个文本文件中，然后将其修改一下以获得我想要的具有适当名称的摘要统计信息。这感觉非常错误，我想做点更好的事情！

Answer 1

有很多不同的方法可以将输出从 tapply 调用转换为data.frame。

但是，首先避免 tapply 的调用更简单，并且通过调用返回数据框的类似函数来替换 / em>而不是vector：

更具体地说：

tapply 返回一个向量

聚合会返回一个数据框

所以只需将您的函数调用从 tapply 更改为聚合，如下所示：

data(iris) # in 'datasets' just call 'data' and pass in 'iris' as an argument tx = tapply(iris$Sepal.Length, list(iris$Species), mean) # returns: versicolor virginica 5.94 6.59 class(tx) # returns: vector tx = aggregate(iris$Sepal.length, list(iris$Species), mean) # returns: Group.1 x 1 versicolor 5.94 2 virginica 6.59 class(tx) # returns: data.frame

Answer 2

你可以试试这个：

mn <- tapply(d$score,d$template,mean)
df <- data.frame(template=names(mn),mean=mn)

Answer 3

library(plyr)
ddply(d, "template", summarise, mean = mean(score))

如何将tapply（）的输出转换为data.frame

3 个答案: