我有以下R脚本(myscript.r
)
#!/usr/bin/env Rscript
dat <- read.table(file('stdin'), sep=" ",header=FALSE)
# do something with dat
# later with user given "param_1"
使用该脚本我们可以通过以下方式运行它;
$ cat data_no_*.txt | ./myscript.r
我想要做的是让脚本从用户那里获取额外的参数:
$ cat data_no_*.txt | ./myscript.r param_1
如何修改myscript.r
以适应这种情况?
答案 0 :(得分:2)
我们构建littler以通过其r
可执行文件来支持它。
看看它的例子,它可能适合你的账单。
答案 1 :(得分:2)
对于非常基本的用法,请查看?commandArgs
。
对于更复杂的用法,命令行参数和选项解析的两个流行包是getopt和optparse。我一直使用它们,他们完成了工作。我还看到argparse,argparser和GetoptLong,但之前从未使用过它们。我错过了一个:Dirk建议您查看docopt这看起来非常好用且易于使用。
最后,由于您似乎通过管道传递参数,您可能会发现此OpenRead
()函数可用于概括代码并允许您的参数为管道或文件。
我想测试docopt
所以把它们放在一起,你的脚本看起来像这样:
#!/usr/bin/env Rscript
## Command-line parsing ##
'usage: my_prog.R [-v -m <msg>] <param> <file_arg>
options:
-v verbose
-m <msg> Message' -> doc
library(docopt)
opts <- docopt(doc)
if (opts$v) print(str(opts))
if (!is.null(opts$message)) cat("MESSAGE: ", opts$m)
## File Read ##
OpenRead <- function(arg) {
if (arg %in% c("-", "/dev/stdin")) {
file("stdin", open = "r")
} else if (grepl("^/dev/fd/", arg)) {
fifo(arg, open = "r")
} else {
file(arg, open = "r")
}
}
dat.con <- OpenRead(opts$file_arg)
dat <- read.table(dat.con, sep = " ", header = FALSE)
# do something with dat and opts$param
你可以测试跑步:
echo "1 2 3" | ./test.R -v -m HI param_1 -
或
./test.R -v -m HI param_1 some_file.txt