Question

我正在尝试使用grep解析Python中的文件，但它始终停在同一行，我可以理解为什么。我尝试了三种不同的方式：

process = os.popen("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}'")
results = process.readlines()
process.close()

然后

process = subprocess.Popen("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}'",stdout=PIPE, stderr=PIPE, shell=True)
process.wait()
process_result = process.communicate()
results = filter(None, process_result[0].split("\n"))

并通过临时文件

os.system("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}' > tmp.txt")
with open("tmp.txt","r") as f :
    results = f.readlines()

但脚本始终在同一行失败。我在bash中直接手动尝试了这一行，它有效....！

这可能是grep的内存问题，我怎么能解决这个问题呢？非常感谢！

Answer 1

您需要引用命令行参数，因为它们之间有空格：

"grep -A1 '"+name+" "+new_hairpins+"' | grep ....
          ^                         ^

否则，name，new_hairpins将被视为单独的参数。

Answer 2

我终于找到了问题：我的错！

我意识到我在grep中使用的文件new_hairpins以及之前在代码中生成的文件并没有被.close（）....

关闭。

由于它正在研究1879年的第一行，我并不认为问题可能来自这个文件...

无论如何，谢谢你的帮助！

Grep突然停了下来

2 个答案: