Question

我在R中使用“sva”包来确定我的数据集中的代理变量。我有一个60000行和8列的数据框（成绩单x样本）。该矩阵中的每个元素是对应转录和样品的“TPM”（每个因子的转录物，数值）的值。这是我正在运行的代码：

   library(sva)
   library(Biobase)
   library(limma)

   data=read.table("mymatrix.txt")

   model  = model.matrix(~Sample_1+Sample_2,data=data)
   # NULL model
   model0 = model.matrix(~1,data=data) # no intercept

   # Run SVA
   svobj = sva(dat=data, mod=model, mod0=model0)

运行“sav（）”函数后，它给出了这个错误： H％*％t（dat）出错：不一致的参数

有没有人知道这是什么意思？它是.txt文件的一个示例：

                          Sample_1    Sample_2    Sample_3      Sample_4 
    ENSMUST00000060336.4 2.10642e-01 1.29483e-01 2.58036e-01 1.59276e-01
    ENSMUST00000060345.5 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
    ENSMUST00000060348.2 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
    ENSMUST00000060356.5 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
    ENSMUST00000060357.8 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00

<。>在.txt文件中，所有值都是“双”格式，但是当我使用“read.table”读取文件时，它们会转换为“e”格式，这就是问题吗？

在文本文件中：

                           Sample_1" "Sample_2"     "Sample_3"     "Sample_4"
    "ENSMUST00000000001.4" 18.7276    16.9755        12.138        20.0952 
    "ENSMUST00000000003.8" 0           0              0             0 
    "ENSMUST00000000010.8" 0           0              0             0 
    "ENSMUST00000000028.8" 0          0.427772       0.162408       0  
    "ENSMUST00000000033.6" 125.936    17.5017        21.3972        59.4235

在R中使用“sva”包时出错

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