为什么我不能在R中调用明显可以在终端中工作的系统功能？

Question

我正在尝试在R中调用系统函数。我正在使用mac。如果我传递一个内置函数（例如ln），它没有问题：

command <- "ls"
cat(command, "\n")
try(system(command))

我得到了一个目录列表。

但是，如果我从第三方安装功能（例如二进制文件），它就不起作用（即使它在终端中有效）。

command <- "bedtools ..."
cat(command, "\n")
try(system(command))

我收到以下错误：

sh: bedtool..:command not found

你认为这是一个PATH问题吗？

谢谢！

Answer 1

确定您已安装＆＃39;命令（它存在于bin中某处）并在阅读完评论后：

  

如果我打开函数二进制文件所在的RStudio（例如open -a RStudio），它就没问题了。

我猜这确实是一个PATH问题。可能的解决方法是：

Sys.setenv(PATH=paste(Sys.getenv("PATH"), "/the/bin/folder/of/bedtools", sep=":"))

Answer 2

您的床上用品在哪里保存？即什么是

的输出

which bedtools

如果它不在您的

中

usr/bin

然后系统命令给出该错误。在那里保存betools它应该工作。

从系统帮助文件中建议尝试

Sys.which

首先在shell输入上输入

命令以查看它是否可以在系统中运行。