Question

我正在尝试调试这行R代码，它是用R版本2.3.x编写的，并且使用rpy调用但现在转移到2.15.3和rpy2，它似乎被打破了？我的矩阵非常大，长度为409x409。对角线上有浮动整数（我想？）。我正在查看拉入的原始矩阵文件，并且错误填充了99999.00。其余的单元格格式为##。##

有问题的代码行：

diag(mymatrix) <- apply(mymatrix, 1, function(x) min(x[x>0], na.rm=T)) * 0.73

返回以下错误：

追踪（最近一次通话）：文件＆＃34;＆＃34;，第1行，in 文件＆＃34; C：\ Python27 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects \ functions.py＆＃34;，第166行，调用 return super（SignatureTranslatedFunction，self）。 call （* args，** kwargs）文件＆＃34; C：\ Python27 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects \ functions.py＆＃34;，第99行，调用 res = super（功能，自我）。调用（* new_args，** new_kwargs） RRuntimeError：diag<-中的错误（*tmp*，值= c（72999.27,1.395676，2.79616323829879，：替换对角线长度错误

我查看the SVN.R website以查看diag函数的内部工作原理，以查看错误的来源：

if (len.v != 1L && len.v != len.i)
stop("replacement diagonal has wrong length")

我认为那告诉我答案，我的替换价值不合适，对吗？那么我该怎么做才能让我的替换对角线达到适当的长度，以便“＃34;坚持＆＃34 ;?

编辑 - 为故障排除目的添加了上下文 -

此矩阵最初通过Python脚本生成为409x409数组（使用numpy），并使用ro.r.assign进行分配。然后，在我的R脚本中，mymatrix最初（在R版本2.3.1表单中）使用：

mymatrix <- do.call("rbind", mymatrix)

但现在在2.15.3和Rpy2中，我在阵列上使用这个do.call时出错了。它会给我以下错误：

文件＆＃34;＆＃34;，第1行，in 文件＆＃34; C：\ Python27 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects \ functions.py＆＃34;，第166行，调用 return super（SignatureTranslatedFunction，self）。 call （* args，** kwargs）文件＆＃34; C：\ Python27 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects \ functions.py＆＃34;，第99行，调用 res = super（功能，自我）。调用（* new_args，** new_kwargs） RRuntimeError：do.call中出错（＆＃34; rbind＆＃34;，mymatrix）：第二个参数必须是列表

所以我的＃34;修复＆＃34;为此，只需使用as.list将其转换为如下所示的列表：

mymatrix <- do.call("rbind", as.list(mymatrix))

但是现在进一步考虑这个问题，我觉得这可能是问题所在。我是否需要再次将其转换为对角线才能正常工作，如果是，那该怎么办？

谢谢！

Answer 1

正如@rawr指出的，do.call(rbind, as.list(mymatrix))返回409x409乘1矩阵，因此，对角函数无法正确表达。解决方案是通过R包do.call将rbind.fill替换为plyr，它以正确的形式成功引入矩阵，然后diag函数执行它的方式应该。

R错误：替换对角线长度错误

1 个答案: