如何在R中的Boxplot中绘制平均值和标准误差

Question

我有两个分类因素（＆＃39; Habitat＆＃39;＆＃39; Locality＆＃39;）和一个连续变量（T）。 ＆＃39;生境＆＃39;有两个级别和地点＆＃39;有八个级别。我想更改默认胡须来代表SE，并将中位数改为每个箱图的均值。有没有办法做到这一点，并在绘图时考虑两个分类因素？提前谢谢了。

这是我使用boxplot ggplot的默认设置所做的，显示了具有中间间隔的第一和第三四分位数。

ggplot(data,aes(x=Locality,y=T)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=interaction(Habitat,Locality), 
                   group=interaction(factor(Habitat),Locality)),
               outlier.shape=1,outlier.size=3) + 
  theme_bw() + 
  theme(
    panel.grid.major=element_blank(),
    panel.grid.minor=element_blank(),
    axis.line=element_line(colour='black'),
    legend.position='none',
    axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,size=12)) + 
  scale_y_continuous('T') + 
  xlab('Locality')

Answer 1

首先编写一个计算min，mean-1SEM，mean，mean + 1SEM和Max的函数。然后使用stat_summary将这5个值映射到箱线图上。

library(gridExtra)
library(ggplot2)

MinMeanSEMMax <- function(x) {
  v <- c(min(x), mean(x) - sd(x)/sqrt(length(x)), mean(x), mean(x) + sd(x)/sqrt(length(x)), max(x))
  names(v) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  v
}

g1 <- ggplot(mtcars, aes(factor(am), mpg)) + geom_boxplot() +
  ggtitle("Regular Boxplot")

g2 <- ggplot(mtcars, aes(factor(am), mpg)) +
  stat_summary(fun.data=MinMeanSEMMax, geom="boxplot", colour="red") + 
  ggtitle("Boxplot: Min, Mean-1SEM, Mean, Mean+1SEM, Max")


grid.arrange(g1, g2, ncol=2)

Answer 2

我希望它有可能，但也可以设置一个红色八角形的交通标志，并说“提前加速限制”，我希望两者都会让人感到困惑。箱线图具有零件所代表的标准定义。当用户看到一个盒子图时，他们不应该通过额外的心理体操来重新思考不同部分的含义。如果您不想表示这些标准摘要，为什么不使用不同的表示。 geom_crossbar或geom_errorbar函数/ geoms可能更适合您的显示（并且可能比尝试修改boxplot geom更容易使用）。