Question

在我上一个问题（https://stackoverflow.com/a/25735444/3767980）的jaypal的帮助下，我能够设定我对于暧昧和不明显案件的限制。让我们在这里考虑模糊不清，因为它更难。

我有像

那样的束缚

G6N-D5C-?: (116.663, 177.052, 29.149) K87CD/E85CB/E94CB/H32CB/Q21CB
L12N-T11C-?: (128.977, 175.109, 174.412) K158C/H60C/A152C/N127C/Y159C(notH60C)
K14N-E13C-?: (117.377, 176.474, 29.823) I187CG1/V78CG2
A75N-Q74C-?: (123.129, 177.253, 23.513) V131CG1/V135CG1/V78CG1

并遵守以下perl脚本：

#!/usr/bin/perl 

use strict;
use warnings;
use autodie;
# 

open my $fh, '<', $ARGV[0];

while (<$fh>) {
    my @values = map { /.(\d+)(\w+)/; $1, $2 } split '/', (split)[-1];
    my ( $resid, $name ) = /^[^-]+-.(\d+)(\w+)-/;
    print "assign (resid $resid and name $name ) (";
    print join ( " or ", 
        map  { "resid $values[$_] and name $values[$_ + 1]" } 
        grep { not $_ % 2 } 0 .. $#values 
    );
    print " ) 3.5 2.5 4.5 ! $_";
}

带输出：

assign (resid 5 and name C ) (resid 87 and name CD or resid 85 and name CB or resid 94 and name CB or resid 32 and name CB or resid 21 and name CB ) 3.5 2.5 8.5 ! G6N-D5C-?: (116.663, 177.052, 29.149) K87CD/E85CB/E94CB/H32CB/Q21CB
assign (resid 11 and name C ) (resid 158 and name C or resid 60 and name C or resid 152 and name C or resid 127 and name C or resid 159 and name C ) 3.5 2.5 8.5 ! L12N-T11C-?: (128.977, 175.109, 174.412) K158C/H60C/A152C/N127C/Y159C(notH60C)
assign (resid 13 and name C ) (resid 187 and name CG1 or resid 78 and name CG2 ) 3.5 2.5 8.5 ! K14N-E13C-?: (117.377, 176.474, 29.823) I187CG1/V78CG2
assign (resid 74 and name C ) (resid 131 and name CG1 or resid 135 and name CG2 or resid 78 and name CG1 ) 3.5 2.5 8.5 ! A75N-Q74C-?: (123.129, 177.253, 23.513) V131CG1/V135CG1/V78CG1

我需要帮助的是包含条目的行，这些条目以V开头，后跟2或3位数，CG1或CG2后!。例子是V78CG2或V135CG1。
我需要限制相应的条目用通配符处理。也就是说我需要像下列这样的限制：

assign (resid 5 and name C ) (resid 87 and name CD or resid 85 and name CB or resid 94 and name CB or resid 32 and name CB or resid 21 and name CB ) 3.5 2.5 8.5 ! G6N-D5C-?: (116.663, 177.052, 29.149) K87CD/E85CB/E94CB/H32CB/Q21CB
assign (resid 11 and name C ) (resid 158 and name C or resid 60 and name C or resid 152 and name C or resid 127 and name C or resid 159 and name C ) 3.5 2.5 8.5 ! L12N-T11C-?: (128.977, 175.109, 174.412) K158C/H60C/A152C/N127C/Y159C(notH60C)
assign (resid 13 and name C ) (resid 187 and name CG1 or resid 78 and name CG* ) 3.5 2.5 8.5 ! K14N-E13C-?: (117.377, 176.474, 29.823) I187CG1/V78CG2
assign (resid 74 and name C ) (resid 131 and name CG* or resid 135 and name CG* or resid 78 and name CG* ) 3.5 2.5 8.5 ! A75N-Q74C-?: (123.129, 177.253, 23.513) V131CG1/V135CG1/V78CG1

我需要建议选择匹配的行，然后将应用的变换应用于群集输入（在!之前）。我可以通过基本正则表达式V.*CG[1-2]找到匹配的行。

我想要一个上述perl脚本中的解决方案。

如果有任何不清楚的地方，请发表评论。我还是比较新的。我提前感谢你的建议。

Answer 1

以下是该脚本的修改版本，其中包含正在进行的操作的说明。 my @values = map { ... } split '/', (split)[-1];有点难以理解，所以我将分别解释：

map接受一个数组并将大括号内的任何内容应用于数组的每个成员，并输出一个新数组。这两个split用于切断线。如果在没有任何参数的情况下使用，split将$_作为输入并在空格上分割。因此，第一个split需要$_，这是当前行，并按空格拆分：

input:
'G6N-D5C-?: (116.663, 177.052, 29.149) K87CD/E85CB/E94CB/H32CB/Q21CB'

the array created by calling split:
'G6N-D5C-?:', '(116.663,', '177.052,', '29.149)', 'K87CD/E85CB/E94CB/H32CB/Q21CB'

第二个split切断/上的输入;作为输入，它使用由第一个split创建的数组中的最后一项 - 即(split)是“通过在空格上拆分$_创建的数组”的简写，以及{{1是数组的最后一个元素。

(split)[-1]

map命令然后将正则表达式应用于此数组的每个成员：

input: 
K87CD/E85CB/E94CB/H32CB/Q21CB

array created by calling `split "/"`
'K87CD', 'E85CB', 'E94CB', 'H32CB', 'Q21CB'

括号将结果捕获到只读变量/.(\d+)(\w+)/; # match any character (.) followed by one or more digits (\d) # followed by one or more alphanumeric (\w) characters.和$1中。映射中的第二个语句将这些字符添加到由$2命令创建的数组中。默认情况下，perl将最后一个语句的结果放入数组中，因此您可以执行以下操作：

map

（模式匹配的“结果”实际上是$ 1和$ 2，因此将my @arr = (1, 2, 3, 4); my @two_times = map { $_ * 2 } @arr; # @two_times is (2, 4, 6, 8)添加到$1, $2数组的语句@values并非绝对必要。）

因此@values = map { /.(\d+)(\w+)/; $1, $2 } @array会抓取@array中每个元素的匹配项并将其放入@values。

我希望脚本的其余部分是可以理解的;如果没有，我建议拆开每个命令并使用Data::Dumper来检查结果，这样你就可以弄清楚发生了什么。

要更改脚本以区别对待VnnCG1 / VnnCG2条目，我在map命令中添加了一行，找到与该模式匹配的任何残差并将其替换为VnnCG*。然后，我更改了匹配的正则表达式，以便它可以获取残留名称的相应部分，但不会获取不适当的数据（例如(notB28DG)）。这是带有注释的新脚本：

#!/usr/bin/perl 
use strict;
use warnings;
use feature ':5.10';
use autodie;

open my $fh, '<', $ARGV[0];

while (<$fh>) {

    # a brief guide to regexps:
    # \d     = digits
    # \w     = digits or letters or _
    # [ ]    = match any of the characters within these brackets
    # ( )    = capture the value in these brackets, save it to $1, $2, $3, etc.
    #        (brackets are also used for alternation, but not in this case)
    # *      = match 0 or 1 times
    # +      = match 1 or more times
    # \*     = match the character *
    # s/ / / = search and replace
    # /x     = ignore whitespace

    my @values = map {
        # find the pattern
        s/V     # V
        (\d+)   # one or more digits; the brackets mean we capture the value
                # and it gets saved in $1
        CG      # CG
        [12]    # either 1 or 2
        /V$1CG*/x; #replace with V $1 CG *

        # find the pattern
        /.       # any character
        (\d+)    # one or more digits; capture the value in $1
        ([A-Z][\w\*]*) # a letter followed by zero or more alphanum or * 
        /x;            # the value is captured in $2

        # put $1 and $2 into the array we're building
        $1, $2
        } split '/', (split)[-1];

    my ( $resid, $name ) = /^[^-]+-.(\d+)(\w+)-/;
    # compose the new string
    my $str = "assign (resid $resid and name $name ) ("
    . join ( " or ",
        map  { "resid $values[$_] and name $values[$_ + 1]" }
        grep { not $_ % 2 } 0 .. $#values
    )
    . " ) 3.5 2.5 8.5 ! $_";
    # "say" prints out the string to STDERR and automatically adds a carriage return
    say $str;
}

没有评论的'核心'脚本的简短版本：

foreach (@data) {
    my @values = map {
        s/V(\d+)CG[12]/V$1CG*/; /.(\d+)([A-Z][\w\*]*)/;
        } split '/', (split)[-1];
    my ( $resid, $name ) = /^[^-]+-.(\d+)(\w+)-/;
    say "assign (resid $resid and name $name ) ("
    . join ( " or ",
        map  { "resid $values[$_] and name $values[$_ + 1]" }
        grep { not $_ % 2 } 0 .. $#values
    )
    . " ) 3.5 2.5 8.5 ! $_";
}

在perl脚本中用VCG *替换VCG1或VCG2

1 个答案: