Question

我是R的新秀。我有一个问题我需要根据各种临床变量(dat[,28:63] - numeric)测试所有基因表达值(dat[,1:27] - factor)。我的初始代码是

dat <- readRDS("TCGA GLUT data.rds")
str(dat)

a <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Gender, data=dat))$coefficients, 5)
b <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Race, data=dat))$coefficients, 5)
c <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients, 5)
d <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Recurrence, data=dat))$coefficients, 5)
e <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Vital_Status, data=dat))$coefficients, 5)
f <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Hashimoto, data=dat))$coefficients, 5)
g <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Histologic_Dx, data=dat))$coefficients, 5)
h <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Max_Size, data=dat))$coefficients, 5)    
i <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Metastatic_LN, data=dat))$coefficients, 5)
j <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ ETE, data=dat))$coefficients, 5)
k <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ T_stage, data=dat))$coefficients, 5)
l <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ N_stage, data=dat))$coefficients, 5)
m <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Stage, data=dat))$coefficients, 5)
n <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ BRAF_V600E, data=dat))$coefficients, 5)

SLC2A1.result <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
SLC2A1.result

这项工作非常辛苦，手动更改所有基因名称（SLC2A1 - ＆gt; SLC2A2 - ＆gt; SLC2A3 ...）所以我做了这样的for循环。

result <- data.frame()
for (i in 28:63){
 a <- summary(lm(dat[,i] ~ Gender, data=dat))$coefficients
 b <- summary(lm(dat[,i] ~ Race, data=dat))$coefficients
 c <- summary(lm(dat[,i] ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients
 d <- summary(lm(dat[,i] ~ Recurrence, data=dat))$coefficients
 e <- summary(lm(dat[,i] ~ Vital_Status, data=dat))$coefficients
 f <- summary(lm(dat[,i] ~ Hashimoto, data=dat))$coefficients
 g <- summary(lm(dat[,i] ~ Histologic_Dx, data=dat))$coefficients
 h <- summary(lm(dat[,i] ~ Max_Size, data=dat))$coefficients     
 i <- summary(lm(dat[,i] ~ Metastatic_LN, data=dat))$coefficients
 j <- summary(lm(dat[,i] ~ ETE, data=dat))$coefficients
 k <- summary(lm(dat[,i] ~ T_stage, data=dat))$coefficients
 l <- summary(lm(dat[,i] ~ N_stage, data=dat))$coefficients
 m <- summary(lm(dat[,i] ~ Stage, data=dat))$coefficients
 n <- summary(lm(dat[,i] ~ BRAF_V600E, data=dat))$coefficients 
 result[i] <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
 }

然而，我收到了一个错误。

Error in `[.data.frame`(dat, , i) : undefined columns selected

我无法意识到我的错误在哪里，我该如何解决它。请帮帮我!!

Answer 1

您应该了解summary(lm(...))$coefficients是2x4矩阵。所以代码中的rbind(a,b,c,...)构建了一个28x4矩阵。然后，如果你写 result[i] <- rbind(a,b,c,...)您正在为i - 列分配矩阵您的结果data.frame。

我建议您为每个基因创建一个矩阵，就像您在第一个基因中所做的那样例子并为每个基因建立一个矩阵列表。然后，您可以指定名称列表索引对应于您的基因名称。这会导致代码如下。

result <- list()
offset <- 27
for (i in 28:63){
  a <- summary(lm(dat[,i] ~ Gender, data=dat))$coefficients
  b <- summary(lm(dat[,i] ~ Race, data=dat))$coefficients
  c <- summary(lm(dat[,i] ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients
  d <- summary(lm(dat[,i] ~ Recurrence, data=dat))$coefficients
  # more...
  gene.mat <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
  result[[i - offset]] <- round(gene.mat, 5)
}
# name the indices by creating a character vector "SLC2A1", "SLC2A2", ...
names(result) <- paste0("SLC2A", 1:36)

然后您可以使用结果$ SLC2A1来访问矩阵。

我打算通过for循环附加我的线性回归结果，但是出错了。我该如何解决？

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