Question

我试图在一个具有一个固定效应的GAMM模型中指定随机截距和随机斜率项。

我使用mgcv库中的以下代码成功地使用随机拦截拟合了一个模型，但现在无法确定gamm()函数中随机斜率的语法：

M1  = gamm(dur ~ s(dep, bs="ts", k = 4), random= list(fInd = ~1), data= df)

如果我在线性混合效果模型中同时使用随机截距和斜率，我会按以下方式编写它：

M2 = lme(dur ~ dep, random=~1 + dep|fInd, data=df)

gamm()支持文档指出随机字词需要以list格式提供，如lme()中所示，但我找不到包含斜率和截距项的任何可解释示例。任何建议/解决方案将不胜感激。

Answer 1

gamm4包中的gamm4函数包含一种执行此操作的方法。您可以使用与lmer样式相同的方式指定随机截距和斜率。在你的情况下：

M1 = gamm4(dur~s(dep,bs="ts",k=4), random = ~(1+dep|fInd), data=df)

这是gamm4文档： https://cran.r-project.org/web/packages/gamm4/gamm4.pdf

Answer 2

以下是使用gamm()数据集输入相关随机拦截和斜率效果的sleepstudy语法。

library(nlme)
library(mgcv)
data(sleepstudy,package='lme4')

# Model via lme()
fm1 <- lme(Reaction ~ Days, random= ~1+Days|Subject, data=sleepstudy, method='REML')
# Model via gamm()
fm1.gamm <- gamm(Reaction ~ Days, random= list(Subject=~1+Days), data=sleepstudy, method='REML')

VarCorr(fm1)
VarCorr(fm1.gamm$lme)
# Both are identical
# Subject = pdLogChol(1 + Days) 
#             Variance StdDev    Corr  
# (Intercept) 612.0795 24.740241 (Intr)
# Days         35.0713  5.922103 0.066 
# Residual    654.9424 25.591843

输入不相关的随机截距和斜率效果的语法与lme()和gamm()相同。

# Model via lme()
fm2 <- lme(Reaction ~ Days, random= list(Subject=~1, Subject=~0+Days), data=sleepstudy, method='REML')
# Model via gamm()
fm2.gamm <- gamm(Reaction ~ Days, random= list(Subject=~1, Subject=~0+Days), data=sleepstudy, method='REML')

VarCorr(fm2)
VarCorr(fm2.gamm$lme)
# Both are identical
#             Variance            StdDev   
# Subject =   pdLogChol(1)                 
# (Intercept) 627.5690            25.051328
# Subject =   pdLogChol(0 + Days)          
# Days         35.8582             5.988172
# Residual    653.5838            25.565285

此answer还会显示如何将多个随机效果输入lme()。

如何在R中的GAMM模型中添加随机截距和随机斜率项

2 个答案: