Question

所以我试图弄清楚如何从Pfam蛋白质序列搜索服务的REST Api获取XML文档来构建Java应用程序。不幸的是，他们的所有文档都假定您将使用Unix命令行或脚本语言，如Perl。基本上，我想要做的是将以下Unix命令行参数“转换”为一个URL，我可以在Web浏览器中输入以检索xml文档：

shell% curl -LH 'Expect:' -F seq=abhsghdsgsbsfkgajsdhsjsjsjdhsjshdj -F output=xml 'http://pfam.xfam.org/search/sequence'

以下是API文档的链接（http://pfam.xfam.org/help#tabview=tab10）。谢谢你的帮助。

Answer 1

您链接到的文档从一开始就解释了这一点;但我想作者可以更清楚地了解如何在不熟悉HTTP的读者之间转换GET和POST请求。

http://pfam.xfam.org/search/sequence?seq=abhsghdsgsbsfkgajsdhsjsjsjdhsjshdj&output=xml

Answer 2

您提供的链接包含原因目前还没有使用typycal浏览器的方式：

运行搜索分为两个步骤：


提交搜索序列并指定搜索参数

以XML格式检索搜索结果


将操作分为两个步骤而不是分开的原因   在单个操作中执行搜索是指所花费的时间   执行序列搜索会根据长度而变化   序列搜索。大多数网络客户端，浏览器或脚本都很简单   如果在短时间内未收到回复，则超时，   通常不到一分钟。通过提交搜索，等待然后   将结果作为单独的操作检索，我们避免了a的风险   客户在结果返回之前达到超时。

Answer 3

浏览man page上的参数：

-LH＆＃39; Expect＆＃39;，看起来像是发送了一个Expect标头。把它放在你的请求标题中。
-F key = value，这些是在帖子正文中的表单值。把它们放在那里。

现在你有了这些要求，去写一些perl！

Answer 4

＆＃34;转换＆＃34;将以下Unix命令行参数放入url中，我可以在Web浏览器中键入以检索xml文档

不幸的是，只有这里的信息，您无法做到这一点。这个语法

包含自定义Expect:标题
指定请求应为POST，请求正文中包含字段（-F）。

您直接输入浏览器的任何内容都是GET，没有自定义标题。

但是，可能该服务还将接受GET，其中包含查询中指定的参数：

http://pfam.xfam.org/search/sequence?output=xml&seq=abhsghdsgsbsfkgajsdhsjsjsjdhsjshdj'

我如何＆＃34;转换＆＃34; Unix命令行参数到URL？

4 个答案: