Question

我想从文件夹中获取许多模型，并在sge脚本中使用它们来进行数组作业。所以我在SGE脚本中执行以下操作：

MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models
numModels=(`ls $MODELS|wc -l`)
echo $numModels 

#$ -S /bin/bash
#$ -cwd 
#$ -V
#$ -t 1-$[numModels] # Running array job over all files in the models directory.

model=(`ls $MODELS`)
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..."

但是我收到以下错误：

Unable to read script file because of error: Numerical value invalid!
The initial portion of string "$numModels" contains no decimal number

我也尝试过使用

#$ -t 1-${numModels}

和

#$ -t 1-(`$numModels`)

但这些都不起作用。欢迎任何建议/替代方法，但他们必须使用qsub的数组作业功能。

Answer 1

请注意，对于Bash，#$ -t 1-$[numModels]只不过是一个评论;因此它不会将变量扩展应用于numModels。

一个选项是在命令行中传递-t参数：从脚本中删除它：

#$ -S /bin/bash
#$ -cwd 
#$ -V

model=(`ls $MODELS`)
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..."

并使用

提交脚本

MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models qsub -t 1-$(ls $MODELS|wc -l) submit.sh

如果您希望拥有一个自包含的提交脚本，另一个选项是通过stdin传递整个脚本的内容，如下所示：

#!/bin/bash
qsub <<EOT
MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models
numModels=(`ls $MODELS|wc -l`)
echo $numModels 

#$ -S /bin/bash
#$ -cwd 
#$ -V
#$ -t 1-$[numModels] # Running array job over all files in the models directory.

model=(`ls $MODELS`)
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..."
EOT

然后直接提供或执行该脚本以提交作业数组（./submit.sh而不是qsub submit.sh，因为qsub命令是脚本的一部分。

在qsub脚本中使用变量作为参数参数

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