我试图连接到ucsc基因组服务器,然后尝试在其中选择数据库hg19。
我已经知道的方法(完全正常):
hg19 <- dbConnect(MySQL(),user="genome",db="hg19",host="genome-mysql.cse.ucsc.edu")
替代方法我想知道:
ucscDb <- dbConnect(MySQL(),user = "genome",host = "genome-mysql.cse.ucsc.edu")
现在,有没有办法使用查询,例如使用hg19; 通过连接句柄ucscDb选择数据库hg19?
两种方法的差异是在dbConnect函数中使用db参数。
在以前的中,我在参数本身中指定了db。 在后者中,我只是连接到ucsc服务器,然后尝试通过查询来处理hg19数据库,可能正在使用dbGetQuery函数。
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dbConnect
命令需要db参数。它设置连接的默认架构但是,在dbSendQuery
命令中没有规则必须使用默认架构。例如,如果您使用
hg19 <- dbConnect(MySQL(),user="genome",db="hg19",host="genome-mysql.cse.ucsc.edu")
但也许想要查询名为“hg18”的数据库。您可以简单地运行以下内容:
query = dbSendQuery(hg19, "SELECT * FROM hg18.sometable);
hg18Data = fetch(query, n=-1);