捕获statsmodels中的高多重共线性

时间:2014-09-04 22:47:38

标签: python statistics scipy statsmodels

说我在statsmodels中适合模型

mod = smf.ols('dependent ~ first_category + second_category + other', data=df).fit()

当我mod.summary()时,我可能会看到以下内容:

Warnings:
[1] The condition number is large, 1.59e+05. This might indicate that there are
strong multicollinearity or other numerical problems.

有时警告是不同的(例如,基于设计矩阵的特征值)。如何在变量中捕获高多重共线性条件?此警告是否存储在模型对象的某处?

另外,我在哪里可以找到summary()中字段的说明?

2 个答案:

答案 0 :(得分:46)

您可以通过检查相关矩阵特征值来检测高多重共线性。非常低的特征值表明数据是共线的,相应的特征向量表明哪些变量是共线的。

如果数据中没有共线性,您可以预期没有任何特征值接近于零:

>>> xs = np.random.randn(100, 5)      # independent variables
>>> corr = np.corrcoef(xs, rowvar=0)  # correlation matrix
>>> w, v = np.linalg.eig(corr)        # eigen values & eigen vectors
>>> w
array([ 1.256 ,  1.1937,  0.7273,  0.9516,  0.8714])

但是,如果说x[4] - 2 * x[0] - 3 * x[2] = 0,那么

>>> noise = np.random.randn(100)                      # white noise
>>> xs[:,4] = 2 * xs[:,0] + 3 * xs[:,2] + .5 * noise  # collinearity
>>> corr = np.corrcoef(xs, rowvar=0)
>>> w, v = np.linalg.eig(corr)
>>> w
array([ 0.0083,  1.9569,  1.1687,  0.8681,  0.9981])

其中一个特征值(这里是第一个特征值)接近于零。相应的特征向量是:

>>> v[:,0]
array([-0.4077,  0.0059, -0.5886,  0.0018,  0.6981])

忽略几乎为零的系数,上面基本上表示x[0]x[2]x[4]是共线的(如预期的那样)。如果标准化xs值并乘以此特征向量,则结果将以小方差悬停在零附近:

>>> std_xs = (xs - xs.mean(axis=0)) / xs.std(axis=0)  # standardized values
>>> ys = std_xs.dot(v[:,0])
>>> ys.mean(), ys.var()
(0, 0.0083)

请注意,ys.var()基本上是接近于零的特征值。

因此,为了捕获高多线性,请查看相关矩阵的特征值。

答案 1 :(得分:4)

基于R的similar question,还有一些其他选项可以帮助人们。我正在寻找一个捕获共线性的单个数字,选项包括相关矩阵的行列式和条件数。

根据R答案之一,相关矩阵的行列式将“范围从0(完全共线性)到1(无共线性)”。我发现有界范围很有用。

决定因素的翻译示例:

RadioButton rButton;
for (i = 0; i < myBuns.size(); i ++){
        rButton = new RadioButton("" + myBuns.get(i));
        rButton.setToggleGroup(bunGroup);
        rButton.setOnAction(this);
        this.getChildren().add(rButton);
    }

同样地,协方差矩阵的条件数将接近无穷大,具有完美的线性相关性。

import numpy as np
import pandas as pd

# Create a sample random dataframe
np.random.seed(321)
x1 = np.random.rand(100)
x2 = np.random.rand(100)
x3 = np.random.rand(100)
df = pd.DataFrame({'x1': x1, 'x2': x2, 'x3': x3})

# Now create a dataframe with multicollinearity
multicollinear_df = df.copy()
multicollinear_df['x3'] = multicollinear_df['x1'] + multicollinear_df['x2']

# Compute both correlation matrices
corr = np.corrcoef(df, rowvar=0)
multicollinear_corr = np.corrcoef(multicollinear_df, rowvar=0)

# Compare the determinants
print np.linalg.det(corr) . # 0.988532159861
print np.linalg.det(multicollinear_corr) . # 2.97779797328e-16