Question

我使用以下脚本生成了两个多组件列表：

list1 = list()
for line in infile1.readlines():
    list1.append(line.split('\t'))

list2 = list()
for line in infile2.readlines():
    list2.append(line.split(‘\t’))

列表如下所示：

list1 = ('1960', 'chr17', '+', 'RNF213'), ('1963', 'chr16', '+', 'SF3B3'), ('1964', 'chr4', '-', 'GPRIN3')...

list2 = ('1482', 'miR-K12-1'), ('1018', 'miR-K12-4-5p'), ('1960', 'miR-K12-12')...

list1中第一个条目的第一个元素（在本例中为“1960”）将匹配list2中一个或多个条目的第一个元素。我想要做的是找到每个匹配，然后将list2条目的最后一个元素添加到list1条目。所需输出的一个例子是：

('1960', 'chr17', '+', 'RNF213', 'miR-K12-12')

我试过这个，但它什么也没有回复：

result = []
for list1[0] in list1:
    if list1[0] == list2[0]:
        result.append((list1[0:], list2[1]))

Answer 1

将列表2中的值放入字典中;第一列中的每个唯一值指向第二列中的值列表。因为您有以制表符分隔的值，所以您应该真正使用此处的csv module：

import csv

lines2 = {}

with open(filename2, 'rb') as infile2:
    reader = csv.reader(infile2, delimiter='\t')
    for row in reader:
        lines2.setdefault(row[0], []).append(row[1])

如果字典中尚未存在键，则

dict.setdefault()设置默认值（此处为列表对象）。这允许我们将第一个值附加到空列表，然后附加到已存在的列表中。

现在，您可以在处理其他文件时轻松查找匹配的行：

with open(filename1, 'rb') as infile1:
    reader = csv.reader(infile1, delimiter='\t')
    for row in reader:
        row += lines2.get(row[0], [])
        print row

演示：

>>> import csv
>>> list1 = ['\t'.join(r) for r in [('1960', 'chr17', '+', 'RNF213'), ('1963', 'chr16', '+', 'SF3B3'), ('1964', 'chr4', '-', 'GPRIN3')]]
>>> list2 = ['\t'.join(r) for r in [('1482', 'miR-K12-1'), ('1018', 'miR-K12-4-5p'), ('1960', 'miR-K12-12')]]
>>> lines2 = {}
>>> reader = csv.reader(list2, delimiter='\t')
>>> for row in reader:
...     lines2.setdefault(row[0], []).append(row[1])
... 
>>> lines2
{'1482': ['miR-K12-1'], '1960': ['miR-K12-12'], '1018': ['miR-K12-4-5p']}
>>> reader = csv.reader(list1, delimiter='\t')
>>> for row in reader:
...     row += lines2.get(row[0], [])
...     print row
... 
['1960', 'chr17', '+', 'RNF213', 'miR-K12-12']
['1963', 'chr16', '+', 'SF3B3']
['1964', 'chr4', '-', 'GPRIN3']

Answer 2

编辑：不要使用这种方法。我暂时离开了，因为其他人可能会从@ Martijn的评论中学习。

list1 = [('1960', 'chr17', '+', 'RNF213'), ('1963', 'chr16', '+', 'SF3B3'), ('1964', 'chr4', '-', 'GPRIN3')]
list2 = [('1482', 'miR-K12-1'), ('1018', 'miR-K12-4-5p'), ('1960', 'miR-K12-12')]

results = []
for x in list1:
    for y in list2:
        if x[0] == y[0]:
            results.append( x + (y[-1], ))
print results
>>>
[('1960', 'chr17', '+', 'RNF213', 'miR-K12-12')]

使用python比较来自不同列表的元素

2 个答案: