Question

问题

我需要使用ICC / MKL（Composer XE 2013 SP 1.3.174）编译带有共享库（--enable-R-shlib）的R 3.1.1，以便使用特定的IDE（rstudio）并且我正在运行陷入困境。

上下文

有关我的平台的一些信息：

OS: Ubuntu 14.04.1 LTS
Kernel: 3.13.0-30
Compiler: Intel ICC (Composer XE 2013 SP 1.3.174)
MKL: Intel MKL (Composer XE 2013 SP 1.3.174)

我之前使用ICC / MKL（Composer XE 2013 SP 1.3.174）编译了R 3.1.1（没有共享库）的工作安装，如下所示：

$source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
$export CC="icc"
$export CXX="icpc"
$export AR="xiar"
$export LD="xild"
$export CFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export CXXFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export MKL="-lmkl_gf_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread"
$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" > log_cfg
$make > log_make_out 2> log_make_err
#make install

当我运行上面的命令时，编译成功并且在进程结束时log_make_err为空。

正如我在开始时所说，我现在需要使用共享库（--enable-R-shlib）编译R.因此，我尝试使用与以前完全相同的命令（相同的计算机）并将配置行更改为：

$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" --enable-R-shlib

这给出了以下输出：

  R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /usr/local

  C compiler:                icc -std=gnu99  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              icpc  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  C++ 11 compiler:           icpc  -std=c++11 -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 90/95 compiler:    x86_64-linux-gnu-gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:        x86_64-linux-gnu-gcc 

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, BLAS(generic), LAPACK(in blas), lzma
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, TIFF, NLS, cairo
  Options enabled:           shared R library, R profiling

  Recommended packages:      yes

在这种情况下，编译不成功，log_make_err包含以下内容：

ld: /tmp/ipo_iccUpPSPh.o: undefined reference to symbol '__kmpc_end@@VERSION'
/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/compiler/lib/intel64/libiomp5.so: error adding symbols: DSO missing from command line
make[3]: *** [R.bin] Error 1
make[2]: *** [R] Error 2
make[1]: *** [R] Error 1
make: *** [R] Error 1

当我在每个案例的configure脚本的输出上运行diff时，没有出现任何奇怪的内容：

753c753
<   Options enabled:           R profiling
---
>   Options enabled:           shared R library, R profiling

我试图包含make命令的完整输出，但它超出了允许的最大字符数，并且使用pastebin在SO时不是一个好习惯。

如果您觉得缺少信息可以帮助您引导我朝着正确的方向发展，请告诉我。

谢谢！

Answer 1

我一直在编译R对抗MKL，这是一个挑战。我还没有在ubuntu上做过，但是从你的配置中我发现了四件事：

使用icc针对mkl进行编译，通常需要在其中一个mkl目录中获取shell脚本，以将一堆环境变量设置为正确的动态库搜索路径。我不明白你在做这个吗？
通过链接libmkl_rt，您可以更轻松地实现 lot 。我的配置行（用于gcc）使用

- 与-BLAS =＆＃34; mkl_rt＆＃34; --with-lapack BLAS_LIBS =＆＃34; -lmkl_rt -liomp5 -lpthread＆＃34;
您尝试使用编译器指令启用openmp而不发送--enable-openmp进行配置。
您正在将icc与gfortran混合，而不是为gfortran设置链接指令或库列表。除非重新编译，否则MKL可能不会与gfortran链接 - 英特尔的一些文档说重新编译是必要的;我无法从他们那里得到答案。 gfortran与你的指令似乎并不知道你希望它是多线程的，它可能不知道如何找到库。

Answer 2

将以下内容添加到脚本中为我解决了这个问题：

export MAIN_LDFLAGS='-openmp'

其他一切都保持不变。

希望这对其他人有用。

使用英特尔MKL编译R 3.1.1： - enable-R-shlib触发未定义的符号错误引用

2 个答案: