从函数中提取绘图并绘制为一个项目

Question

我有一个产生情节的功能，我跑了六次。我想提取每个图，然后用每个图绘制一个多面板图，只有一个图例。

我尝试使用assign函数和return来提取我的情节，但我似乎无法让它工作。

我的代码：

levels = c('Genus','Family','Order','Class','Phylum','Domain')

Taxon_senPrec_func = function(x){
  df = subset(d, Taxonomic_level == x)

  q=ggplot(df, aes(x=Sensitivity, y=Precision, col=Database, shape=ID_cutoff)) +
    geom_point(size=3) +
    ggtitle(
      paste('The ',x,' sensitivity and precision of various annotation techniques.', 
            sep='')) +
    ylim(0,100) +
    xlab('Sensitivity (%)') +
    ylab('Precision (%)') +
    scale_shape_manual(values=1:9)

  p = assign(paste("plot_",x,sep=""), q)
  return(p)
}

for(level in levels){
  Taxon_senPrec_func(level)
}

Answer 1

为了扩展facet_grid评论，我们尝试使用自定义函数分别根据一个data.frame的子集绘制多个图，然后尝试将它们组合成一个图，为什么不使用facet_grid。 / p>

示例：

require(ggplot2)

#reproducible dummy data
set.seed(123)
df <- data.frame(Sensitivity=runif(600,1,100),
                 Precision=runif(600,1,100),
                 Database=sample(c("DB1","DB2","DB3"),600,replace = TRUE),
                 ID_cutoff=sample(LETTERS[1:4],600,replace = TRUE),
                 my_levels = c('Genus','Family','Order','Class','Phylum','Domain'))

#plot with facet
ggplot(df, aes(x=Sensitivity, y=Precision, col=Database, shape=ID_cutoff)) +
  geom_point(size=3) +
  facet_grid(.~my_levels) +
  ggtitle('The sensitivity and precision of various annotation techniques.') +
  ylim(0,100) +
  xlab('Sensitivity (%)') +
  ylab('Precision (%)') +
  scale_shape_manual(values=1:9)

<强>简介：

Answer 2

一种方法是使用多值函数（来自here），如下所示：

multiplot <- function(..., plotlist=NULL, file, cols=1, layout=NULL) {
  require(grid)

  plots <- c(list(...), plotlist)

  numPlots = length(plots)

  if (is.null(layout)) {

    layout <- matrix(seq(1, cols * ceiling(numPlots/cols)),
                     ncol = cols, nrow = ceiling(numPlots/cols))
  }

  if (numPlots==1) {
    print(plots[[1]])

  } else {

    grid.newpage()
    pushViewport(viewport(layout = grid.layout(nrow(layout), ncol(layout))))


    for (i in 1:numPlots) {
      matchidx <- as.data.frame(which(layout == i, arr.ind = TRUE))

      print(plots[[i]], vp = viewport(layout.pos.row = matchidx$row,
                                      layout.pos.col = matchidx$col))
    }
  }
}

并且可以像这样使用它：

library(ggplot2); 
library(grid)

q1<-ggplot(...) #your first graph
q2<-ggplot(...) # your second graph
...
q6<-ggplot(...) # 6-th graph

然后致电multiplot(q1,q2,q3,q4,q5,q6,cols=3)。有多种替代方法：请参阅使用grid.arrange的{​​{3}}，当然还有ggplot附带的构面类型：facet_grid（如Baptiste所说）和{ {1}}，后者可以像这样使用（随机/伪数据）：

facet_wrap

给出了这个精彩的情节：