逐个绘制各列的图形

Question

我有一个如下所示的数据集：

       chr1      chr2       chr3      chr4      chr5      chr6       chr7
 0.036087058 0.1710794 0.07083756 0.9182151 0.1927984 0.0000000 0.12830954
 0.004343812 0.1690745 0.14401409 0.4871753 0.2435876 0.1002418 0.70837558
 0.045108822 0.7170632 0.14267753 0.2135151 0.6505695 0.7835569 0.07150584
 0.000000000 0.2018202 0.19012533 0.5991120 0.5580128 0.6712861 0.23824141
 0.000000000 0.2840185 0.16105520 0.6181579 0.7912422 0.2766674 0.34650258
 0.024726317 0.2325610 0.14434823 0.2028226 0.2449242 0.3227787 0.49252151

我在R中读过这些数据，并使用以下命令绘制它：

d1<-read.table("Tagcount_APL_284perChrom.txt", header=T, fill=T)
plot(d1$chr1)

现在，问题是，我不想只绘制一个变量，但所有变量都在一个接一个地绘制在同一个图中。我知道我可以单独制作这些图，然后使用编辑器将它们合并，但我相信在R中有更简洁的方法。

请帮忙。

谢谢

Answer 1

d1 <- read.table(text = "      chr1      chr2       chr3      chr4      chr5      chr6       chr7
 0.036087058 0.1710794 0.07083756 0.9182151 0.1927984 0.0000000 0.12830954
 0.004343812 0.1690745 0.14401409 0.4871753 0.2435876 0.1002418 0.70837558
 0.045108822 0.7170632 0.14267753 0.2135151 0.6505695 0.7835569 0.07150584
 0.000000000 0.2018202 0.19012533 0.5991120 0.5580128 0.6712861 0.23824141
 0.000000000 0.2840185 0.16105520 0.6181579 0.7912422 0.2766674 0.34650258
 0.024726317 0.2325610 0.14434823 0.2028226 0.2449242 0.3227787 0.49252151",
header = TRUE)

matplot(d1, type = "l")  
# change type to "p" for points.
# check ?matplot for how to change colure and point shapes, axis options etc.

---

修改

---

哦，你的意思是这样的

par(mfrow = c(2,4))
apply(d1, 1, plot)

我个人会将这些数据转换成长格式（使用融化）并使用ggplot2

绘图

即

library(ggpolot2)
library(plyr)
newd1 <- melt(d1)
ggplot(newd1 ... blah blah