在RMarkdown上编织html / pdf后,数字的缓存文件夹将自行删除

时间:2014-08-26 19:41:48

标签: r r-markdown

这个问题对我来说似乎很奇怪:我的RMarkdown doc中有几个图表和表格,所以我想缓存以节省编译/编织时间。当我将所有缓存选项更改为cache = TRUE时,它会在我的目录中创建两个文件夹:" Figures_Full_Study_cache"和" Figures_Full_Study_figures"正如它应该。问题是,虽然前者(_cache)仍然存在,但后者(_figures)在编译后会自行删除。

随着它的发生,我可以看到" Figure_Full_Study_cache"和" Figures_Full_Study_figures"正在创建的文件夹我甚至可以进入" Figures_Full_Study_figures"文件夹,并看到实时生成的每个.png。但是,一旦Markdown / pandoc完成," Figure_Full_Study_figures"文件被立即删除(我有所有这些的截图,但我太新了叠加溢出来发布图像)。

当然,一旦此文件与.png图像一起消失,当我尝试使用cache = TRUE再次运行它时R会生成错误,因为这些文件不存在(表格工作得很好)。我的缓存文件为什么要删除自己的任何想法?我已经包含了一个代表性示例,说明了如何使用ggplot2创建我的绘图并进入RMarkdown:

```{r,echo=FALSE, warning=FALSE, fig.width=5,fig.height=3.5,cache=TRUE}
     ggplot(Demographics, aes(x=Exp)) +
     geom_histogram(binwidth=2,fill="slateblue1", color="black", alpha=.9) +
     theme_general # Defined previously, not relevant to this discussion
     # My apologies for not being able to post the data... protected research.
```

以下是需要时Markdown文档的选项:

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title: "Figures Full Study"
author: "Name"
date: "Wednesday, August 13, 2014"
output:
  html_document: default
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