作业未运行:'没有此类文件或目录'但脚本存在

时间:2014-08-25 12:39:56

标签: bash jobs sungridengine

我是一名生物信息学家,社区中的新人,以及使用bash命令的新手。

我最近遇到了一个非常简单的错误消息,但对我来说,修复这个问题有点复杂。

简单地说,当我使用qsub命令(来自主节点)启动脚本时,作业不起作用,我在“日志”文件中找到以下错误消息:

  

致命错误:无法打开文件   '/data/users/genethongandolfi/scripts/multi454.mse/multi454fasta.manip.r':   没有这样的文件或目录

这听起来很奇怪,因为名为'multi454fasta.manip.r'的脚本文件的路径是正确的(我已经使用'find'命令检查过了。)

我还尝试将脚本移动到主目录/home/genethongandolfi/scripts并且错误消息发生更改:作业运行是因为系统找到了脚本,而不是通常路径/data/users/genethongandolfi/analysis/etc...中的输入文件。这似乎是我在发布工作时无法识别/data/users/...路径的事情。

2 个答案:

答案 0 :(得分:0)

出现这种情况有几个原因:

  1. 从属节点上的文件位置与主
  2. 不同
  3. 从属设备上的文件权限不允许访问文件
  4. 如果可以,请尝试登录从属节点,切换到运行作业的用户,并检查文件位置和权限。

答案 1 :(得分:-1)

对于一个.exe

形式的简单c程序有同样的错误

从shell脚本中删除.exe最终确定了它。

而不是./program.exe写./program