我想根据某些群体中的数据进行绘图。例如,我有以下数据
Chr Value
chr1 0.44
chr1 5.4
chr1 4.5
chr2 3.33
chr3 6.66
chr3 2.1
chr3 4.3
我想为每个组创建单独的图(因此chr1的一个图,chr2的一个图等)。我怎样才能做到这一点?总体目标是尝试使用后验概率图 - 它绘制出数据中的阶跃变化可能是真实的可能性。它被称为bcp
。运行它的代码只是
library(bcp)
bcp.0 <- bcp(testdata)
plot.bcp(bcp.0).
所以我喜欢看每个chr的步骤变化。
我尝试了以下内容:
df <- read.delim("~/Desktop/SequencingScripts/blabla/tbb.txt", header=TRUE)
df = df[order(df[[1]], df[[2]]),]
View(df)
lst <- split(df, df$chr)
bcp.lst <- bcp(df[,5])
lapply(lst, function(x) plot.bcp(bcp.lst))
但我最终没有错误但也没有情节。
如果我尝试
lst <- split(df, df$chr)
bcp.lst <- bcp(lst)
lapply(lst, function(x) plot.bcp(bcp.lst))
我最终得到了错误:
> bcp.lst <- bcp(lst)
Error in { :
task 1 failed - "(list) object cannot be coerced to type 'double'"