如何将函数应用于指定的组

时间:2014-08-21 20:53:37

标签: r

我想根据某些群体中的数据进行绘图。例如,我有以下数据

Chr            Value

chr1           0.44
chr1           5.4
chr1           4.5
chr2           3.33
chr3           6.66
chr3           2.1
chr3           4.3

我想为每个组创建单独的图(因此chr1的一个图,chr2的一个图等)。我怎样才能做到这一点?总体目标是尝试使用后验概率图 - 它绘制出数据中的阶跃变化可能是真实的可能性。它被称为bcp。运行它的代码只是

 library(bcp)
 bcp.0 <- bcp(testdata) 
 plot.bcp(bcp.0). 

所以我喜欢看每个chr的步骤变化。

我尝试了以下内容:

df <- read.delim("~/Desktop/SequencingScripts/blabla/tbb.txt", header=TRUE)


df = df[order(df[[1]], df[[2]]),]
View(df)

lst <- split(df, df$chr)
bcp.lst <- bcp(df[,5])
lapply(lst, function(x) plot.bcp(bcp.lst))

但我最终没有错误但也没有情节。

如果我尝试

lst <- split(df, df$chr)
bcp.lst <- bcp(lst)
lapply(lst, function(x) plot.bcp(bcp.lst))

我最终得到了错误:

> bcp.lst <- bcp(lst)

Error in { : 
  task 1 failed - "(list) object cannot be coerced to type 'double'"

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