Question

我有以下代码：

import fileinput
import sys
import re

def reading_fasta(fasta):
    #### defining variables
    name = ""
    hashseq = {}
    sequence = ""
    ### loop over file
    for line in fileinput.input(fasta):
        if not line:
            hashseq[name] = sequence
            fileinput.close()
            break
        elif re.match("^>.*", line):
            if fileinput.lineno() != 1:
                hashseq[name] = sequence
                del sequence
            name = re.split('\W+', line)[1]
        else:
            line.rstrip("\n")
            sequence += line

reading_fasta(sys.argv[1])

出现以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "parse.py", line 25, in <module>
    reading_fasta(sys.argv[1])
  File "parse.py", line 23, in reading_fasta
    sequence += line
UnboundLocalError: local variable 'sequence' referenced before assignment

为什么？在网上冲浪我发现了相同的错误，但由于变量是在全球环境中设置的。尽管如此，我的变量在函数内部定义为局部变量。

Answer 1

你删除变量;这取消了这个名字。

del sequence

不要那样做;将其重新绑定为空字符串，可能是：

sequence = ''

请注意，首先在列表中收集字符串，然后与str.join()一起连接，效率更高：

def reading_fasta(fasta):
    hashseq = {}
    with open(fasta) as inf:
        sequence = []
        name = ''
        for line in inf:
            if re.match("^>.*", line):
                if sequence:
                    hashseq[name] = ''.join(sequence)
                    sequence = []
                name = re.split('\W+', line)[1]
            else:
                sequence.append(line.rstrip('\n'))
        if sequence:
            # remainder
            hashseq[name] = ''.join(sequence)
    return hashseq

我已经重新编写了一些代码，以便将输入文件对象用作上下文管理器（因此它会自动关闭）。循环文件对象永远不会产生完全空行，检测完文件的最佳方法是在循环完成后处理余数。您根本无需使用fileinput.input()，因为您只需测试sequence是否为空。

我还假设你想返回结果字典。： - ）

Python：局部变量的UnboundLocalError

1 个答案: