Question

到目前为止我有这个错误;

Configuration error:
  could not find the MySQL installation include and/or library
  directories.  Manually specify the location of the MySQL
  libraries and the header files and re-run R CMD INSTALL.

INSTRUCTIONS:

1. Define and export the 2 shell variables PKG_CPPFLAGS and
   PKG_LIBS to include the directory for header files (*.h)
   and libraries, for example (using Bourne shell syntax):

      export PKG_CPPFLAGS="-I<MySQL-include-dir>"
      export PKG_LIBS="-L<MySQL-lib-dir> -lmysqlclient"

   Re-run the R INSTALL command:


      R CMD INSTALL RMySQL_<version>.tar.gz

2. Alternatively, you may pass the configure arguments
      --with-mysql-dir=<base-dir> (distribution directory)
   or
      --with-mysql-inc=<base-inc> (where MySQL header files reside)
      --with-mysql-lib=<base-lib> (where MySQL libraries reside)
   in the call to R INSTALL --configure-args='...' 

   R CMD INSTALL --configure-args='--with-mysql-dir=DIR' RMySQL_<version>.tar.gz

ERROR: configuration failed for package ‘RMySQL’
* removing ‘/home/samuel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RMySQL’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘./RMySQL_0.9-3.tar.gz’ had non-zero exit status

所以我按照它在1处说的那样。

我输入

export PKG_CPPFLAGS="-I</usr/include/mysql>"
export PKG_LIBS="-L</usr/lib/mysql> -lmysqlclient"

然后再次尝试在终端上安装他们给我的命令

 R CMD INSTALL RMySQL_<version>.tar.gz

我得到了;

checking for unistd.h... yes
checking mysql.h usability... no
checking mysql.h presence... no
checking for mysql.h... no
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I</usr/include/mysql>     -fpic  -O3 -pipe  -g  -c RS-DBI.c -o RS-DBI.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I</usr/include/mysql>     -fpic  -O3 -pipe  -g  -c RS-MySQL.c -o RS-MySQL.o
In file included from RS-MySQL.c:22:0:
RS-MySQL.h:32:19: fatal error: mysql.h: No existe el archivo o el directorio
 #include <mysql.h>
                   ^
compilation terminated.
make: *** [RS-MySQL.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’

所以抬头我找到了这个建议;

installing RMySQL gives error RS-MySQL.h:32:19: fatal error: mysql.h: No such file

并按照其中的说法进行操作：

http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

我没有采取这一步骤;

3。编辑或创建文件Renviron.site并添加包含MySQL安装位置的变量MYSQL_HOME。安装R时通常不会创建该文件，因此您可能需要自己创建。您需要将它放在R Home区域的/ etc目录下。如果您不知道它在哪里，您可以在R提示符下发出R.home（）。您将在variable = value语法中添加名为MYSQL_HOME的变量。这是一个例子： Renviron.site的位置：C：/PROGRA~1/R/R-2.11〜1.0/etc/Renviron.site 内容是： MYSQL_HOME = C：/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.0 /

因为，当我在Renviron.site中时，它不允许我对它进行任何编辑，我也不清楚我应该放在那里，无论如何，我写的

MYSQL_HOME=C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.0/***

但是我无法保存它，它不会让我，因为它说我不允许，我不能在/ etc /

中创建新文件或其他任何内容

Answer 1

对我来说，我只需要获得包含这些文件的正确包

sudo apt-get install libmysqlclient-dev

Answer 2

你的输入是错误的，首先要摆脱大于和小于标志。然后为MySQL include目录运行命令：

$ mysql_config --include

如果它与你提供的路径相同而不是：

export PKG_CPPFLAGS="-I</usr/include/mysql>"

输入：

export PKG_CPPFLAGS="-I/usr/include/mysql"

对于库路径输入命令：

$ mysql_config --libs

与上面相同的输入路径没有我的标志就像是：

export PKG_LIBS="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lmysqlclient"

最后在最后一个输入而不是“版本”中指定版本号。这些步骤可以解决您的问题。要在/ etc /目录中进行编辑和编写，您应具有权限，如果您是管理员，则可以通过sudo命令执行此操作。而且你提供的路径是windows而不是linux。

Answer 3

这个对我有用：

sudo apt-get install r-cran-rmysql

Answer 4

当我尝试在R中安装RMySQL时，它提示错误说：

Configuration failed because no mysql client library was found. Try installing:
 * deb: libmariadbclient-dev | libmariadb-client-lgpl-dev (Debian, Ubuntu)

然后我就做了：

sudo apt-get install libmariadbclient-dev
sudo apt-get install libmariadb-client-lgpl-dev

我可以使用以下方法在R中安装RMySQL：

install.packages("RMySQL", dependencies=TRUE)

Answer 5

这是因为机器中缺少 mysql.h（头文件）文件。

设置：1 尝试从机器中查找 mysql.h 文件

find / -name mysql.h

如果你找不到 设置：2 尝试重新安装

sudo yum reinstall mysql-devel
Sudo yum reinstall mysql-client

如果它的社区服务器

sudo yum reinstall mysql-community-devel
Sudo yum reinstall mysql-community-client

您也可以按版本指定

无法在R 3.0.2上安装RMySQL（ubuntu 14.04）

5 个答案:

这是因为机器中缺少 mysql.h（头文件）文件。