Question

我在两个向量之间运行了相关性分析，我需要绘制-log10（pvalue）...当相关性运行时，我得到以下结果：

data <- read.table("test-data.txt")
a <- data[,1]
b <- data[,2]
test <- cor.test(a, b)
test

    Pearson's product-moment correlation

data:  a and b
t = 8.3704, df = 10352, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 0.06282908 0.10109436
sample estimates:
       cor 
0.08199194

但当我将p值提取为test$p.value时，它出现为零..这意味着当我计算-log10（pv）时，我得到Inf作为结果......我无法策划。

然而，-log(2.2e-16, base=10)是15.65758，这就是我想要的

所以我的问题是：你将如何维持指数？

另外，这是我正在运行的一系列81个相关的样本，必须一起绘制，我对81个中的30个有同样的问题

Answer 1

你的p值不是2.2e-16，低于那个。这意味着它的计算结果为零。您可以跳过零，或将零设置为任意小的2.2e-16。

ifelse(pv==0,-log(2.2e-16,base=10),-log(pv,base=10))

当然，81次中有30次你不知道p值是多少，只是它非常小。

从cor.test中提取逐字p值

1 个答案: