Question

寻找一个选项，让我可以将R诊断消息（由message()生成）重定向到stdout，而不是默认情况下stderr。

message手册说明：

默认处理程序将消息发送到stderr（）连接。

所以问题是如何更改此默认行为？仍然保留warning()和stop()的重定向。

已尝试接收type='message'但它会重定向所有（消息，警告，错误）。

如果有人愿意测试，这是示例脚本exec_test.R：

print("using print")
cat("using cat\n")
message("using message")
warning("using warning")
stop("using stop")
q("no")

然后将执行：

Rscript exec_test.R 1>> exec_test.Rout 2>> exec_test_error.Rout

我不知道如何使用2>&1，因为我的脚本产生了大量的message，很少出现真正的错误，因此我需要将这些日志存储在单独的文件中。

Answer 1

虽然这很可能不是最佳做法，但您可以使用默认情况下写入message的版本覆盖stdout()，对吗？

message <- function (..., domain = NULL, appendLF = TRUE) 
{
    args <- list(...)
    cond <- if (length(args) == 1L && inherits(args[[1L]], "condition")) {
        if (nargs() > 1L) 
            warning("additional arguments ignored in message()")
        args[[1L]]
    }
    else {
        msg <- .makeMessage(..., domain = domain, appendLF = appendLF)
        call <- sys.call()
        simpleMessage(msg, call)
    }
    defaultHandler <- function(c) {
        cat(conditionMessage(c), file = stdout(), sep = "")
    }
    withRestarts({
        signalCondition(cond)
        defaultHandler(cond)
    }, muffleMessage = function() NULL)
    invisible()
}

Answer 2

OP通过Rscript命令显示执行并使用一些I / O重定向。如果你想使用重定向记录所有内容并且只在出错时显示给控制台，我发现最好的方法是使用||检查脚本在打印到屏幕之前是否具有非零退出状态：

Rscript myrscript.R > temp.log 2>&1 || cat temp.log

这个方法严格依赖于打印的退出代码，它只部分地绕过message()进入stderr，但我认为这个例子很有用，因为消息不一定会触发非零退出状态，你可以用这种方法继续安静地登录。

如果您想更进一步并继续添加到单个日志文件中，那么这将有效：

Rscript myrscript.R > temp.log 2>&1 || cat temp.log && cat temp.log >> persistent.log && rm temp.log

此命令的伪代码为：

将stderr和stdout重定向到temp.log
如果命令的退出状态为非零，则写入屏幕
然后将temp.log的内容重定向到您的persistent.log
然后删除temp.log

Answer 3

使用sink。这是对您的代码的修改：

sink(stdout(), type = "message") # sink messages to stdout
print("using print")
cat("using cat\n")
message("using message")
warning("using warning")
sink(NULL, type="message") # close the sink
warning("after ending sink") # this will be the only thing in your err file
q("no")

Answer 4

将@Thomas和@ branch14的答案结合在一起，这就是我想出的：

.stderr_message <- message
message <- function(...) {
    sink(stdout(), type = "message")
    .stderr_message(...)
    sink(NULL, type = "message")
}

我使用此代码在外壳上对此进行了验证

.stderr_message <- message
message <- function(...) {
    sink(stdout(), type = "message")
    .stderr_message(...)
    sink(NULL, type = "message")
}

print(1)
message(1)

没有我的message()：

> Rscript bug.R 2> >(sed 's/^/stderr: /') > >(sed 's/^/stdout: /')
stdout: [1] 1
stderr: 1

> Rscript bug.R 2> >(sed 's/^/stderr: /') > >(sed 's/^/stdout: /')
stdout: [1] 1
stdout: 1

将R诊断消息发送到stdout而不是stderr

4 个答案: