Question

我是R.的新人。我想画这样的数字（左下角）： http://www.nature.com/ng/journal/v45/n8/images_article/ng.2699-F3.jpg，

显示突变的共存或排斥（每行一个基因，每列一个样本）。我认为它不是由它绘制的热图或 pheatmap。这里有一个样本数据（1表示突变，0表示野生型，NA表示不可用）：

data=matrix(sample(c(rep(0,30),rep(1,30)),60),ncol=15)
is.na(data)=c(2,20)

有关如何完成的任何建议？感谢〜

Answer 1

这对我来说就像是光栅/平铺图形。有几种选择。我个人认为ggplot2包做得很好。

但是，我没有使用您提供的示例，因为我认为数据最好以长格式组织。有关如何执行此操作的简单示例，请参阅下面的代码：

require(ggplot2)

dat <- expand.grid(gene=1:10, subj=1:50)
dat$mut <- as.factor(sample(c(rep(0,300),rep(1,200)),500))
dat$mut[sample(500,300)] <- NA

ggplot(dat, aes(x=subj, y=gene, fill=mut)) + 
  geom_raster() +
  scale_fill_manual(values = c("#8D1E0B","#323D8D"), na.value="#FFFFFF")

#dev.off()

可以使用ggplot2提供的手动缩放和主题功能优化视觉外观。您可以在包的文档中查找： http://docs.ggplot2.org/current/

编辑：

详细说明ggplot2提供的用于自定义外观的选项。情节的清晰变体，具有自定义的外观和比例，可能如下所示：

ggplot(dat, aes(x=subj, y=gene, fill=mut)) +
  geom_raster() +
  scale_fill_manual(values = c("#8D1E0B","#323D8D"), na.value="#FFFFFF") +
  scale_x_discrete("Subject") +
  scale_y_continuous(breaks=1:10,
    labels=c("D0","D1","D2","D3","D4","D5","D6","D7","D8","D9")) +
  guides(fill=FALSE) +
  theme(
    axis.ticks.x=element_blank(), axis.ticks.y=element_blank(),
    axis.text.x=element_blank(), axis.text.y=element_text(colour="#000000"), 
    axis.title.x=element_text(face="bold"), axis.title.y=element_blank(),
    panel.grid.major.x=element_blank(), panel.grid.major.y=element_blank(),
    panel.grid.minor.x=element_blank(), panel.grid.minor.y=element_blank(), 
    panel.background=element_rect(fill="#ffffff")
  )

#dev.off()

尽管如此，查看ggplot2文档对于开发图形并根据需要进行调整非常有用。

R图显示突变

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