Question

我有两个文件。一个是像这样松散的数据库：

GO:0000001      mitochondrion inheritance   P   
GO:0000002      mitochondrial genome maintenance    P   
GO:0000003  GO:0019952 GO:0050876   reproduction    P   
GO:0000005      ribosomal chaperone activity    F   obs
GO:0000006      high affinity zinc uptake transmembrane transporter activity    F   
GO:0000007      low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity    F   
GO:0000008  GO:0000013  thioredoxin F   obs
GO:0000009      alpha-1,6-mannosyltransferase activity  F   
GO:0000010      trans-hexaprenyltranstransferase activity   F   
GO:0000011      vacuole inheritance P   
GO:0000012      single strand break repair  P   
GO:0000014      single-stranded DNA specific endodeoxyribonuclease activity F   
GO:0000015      phosphopyruvate hydratase complex   C   
GO:0000016      lactase activity    F   
GO:0000017      alpha-glucoside transport   P   
GO:0000018      regulation of DNA recombination P   
GO:0000019      regulation of mitotic recombination P

另一个是我需要使用所述数据库“分类”的文件。它看起来像这样：

gene_id_100000  GO:0004370  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100000  GO:0005524  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100000  GO:0006071  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100000  GO:0006072  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100000  GO:0019563  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100002  GO:0000105  99.42   173 1   0   1   173 256 428 8e-122   357
gene_id_100002  GO:0004399  99.42   173 1   0   1   173 256 428 8e-122   357
gene_id_100002  GO:0008270  99.42   173 1   0   1   173 256 428 8e-122   357
gene_id_100002  GO:0051287  99.42   173 1   0   1   173 256 428 8e-122   357
gene_id_100008  GO:0005737  84.35   147 23  0   7   153 5   151 1e-90    267
gene_id_100008  GO:0008616  84.35   147 23  0   7   153 5   151 1e-90    267
gene_id_100008  GO:0033739  84.35   147 23  0   7   153 5   151 1e-90    267
gene_id_100008  GO:0046857  84.35   147 23  0   7   153 5   151 1e-90    267
gene_id_100017  GO:0003938  71.75   177 50  0   1   177 75  251 6e-86    268

如您所见，文件之间的常用术语是GO：。我唯一关心的是我需要分类的文件的前两列（即带有gene_id的那一列和带有GO的文件:)以及来自数据库的每个GO：term的描述。

输出应如下所示（查询文件中的第2列，后跟数据库中与文件中的GO术语匹配的描述）：

gene_id_100000  GO:0004370  glycerol kinase activity    F
gene_id_100000  GO:0005524  ATP binding F
gene_id_100000  GO:0006071  glycerol metabolic process  P
gene_id_100000  GO:0006072  glycerol-3-phosphate metabolic process  P
gene_id_100000  GO:0019563  glycerol catabolic process  P
gene_id_100002  GO:0000105  histidine biosynthetic process  P

数据库中的某些行有超过1个GO：term，所以我真的无法让它工作......而且，我真的不知道如何同时处理2个文件在awk。

提前感谢您的帮助！希望我能清楚地解释清楚。

编辑jaypal：缺少的一些行是我用作文件示例的行：

gene_id_100000  GO:0004370  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100000  GO:0005524  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100000  GO:0006071  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100000  GO:0006072  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100000  GO:0019563  69.52   187 57  0   7   193 4   190 1e-90    280
gene_id_100002  GO:0000105  99.42   173 1   0   1   173 256 428 8e-122   357

他们相应的数据库行是：

GO:0004370      glycerol kinase activity    F
GO:0005524      ATP binding F
GO:0006071      glycerol metabolic process  P
GO:0006072      glycerol-3-phosphate metabolic process  P
GO:0019563      glycerol catabolic process  P
GO:0000105      histidine biosynthetic process  P

Answer 1

awk '
  NR==FNR {
    line = $0;
    gsub(/GO:[0-9]+[ \t]*/, "", line);
    for(i=1; i<=NF && substr($i, 1, 3) == "GO:"; ++i)
      desc[$i] = line;
    next;
  }
  { print $1, $2, desc[$2]; }
' database file

第一个块仅对第一个文件执行;仅第二个文件的第二个块。第一个文件是代码和描述的数据库。对该行上的每个GO号进行哈希描述。对于第二个文件，将使用其他信息打印说明。

Answer 2

使用awk：

awk '
NR==FNR { 
    genes[$2] = $1;
    next
}
{
    line = $0; 
    gsub (/GO:[[:digit:]]+[[:space:]]*/, "", line); 
    for (i=1; i<=NF; i++) {
        if ($i in genes) {
            print genes[$i], $i, line;
            next
        }
    }
}
' file database

首先从文件创建哈希。我们使用第二列作为键和第一列作为值。
当我们将文件完全加载到内存中时，我们将移动到数据库文件以进行查找。
我们首先将整行保存在变量中，然后从中删除所有GO个序列。
我们遍历由空格分隔的所有字段，并检查字段是否存在于哈希中。如果是，我们打印hash_id的值。匹配的密钥是GO:序列和行。

AWK - 使用行中的常用术语合并2个文件

2 个答案: