我们需要传递一个距离矩阵，所以不需要计算任何额外的距离，对吧？我错过了什么？
此处的文档：http://docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.linkage.html
答案 0 :(得分：3)
linkage函数不需要metric参数，可以传递原始观察值而不是距离矩阵。
来自您发布的链接
y：ndarray
[...]或者，n维的m个观察向量的集合可以作为m×n阵列传递。
linkage函数检查，如果您传入了有效的距离矩阵 - 可以使用is_valid_y / is_valid_dm推测 - 如果不是，它将首先应用pdist指标您已指定（如果未指定任何内容，则为欧几里德指标）。
答案 1 :(得分：0)
我认为该指标用于计算新形成的簇之间的距离（取决于我们使用的方法）