Question

我是热图的新手。我的数据看起来像是：

Dat       A        B        C        D        E
A    100       30.3      0       55.71    45.78
B     12.85   100       72.85    12.64    98.51
C      0       27.85   100       82.28     3.07
D     23.71    30.64    40.28   100        6.33
E     25.25    85       52.36    36.33   100

R代码：

pdf("hh.pdf")
library(gplots)
data = read.table("file.txt", header=T, row.names=1)
heatmap.2(as.matrix(data))
dev.off()

当我使用上面的数据绘制热图时，可以使用这些网格线。但是当我将行数计算为100或在该范围内时，情节几乎不可见。情节用短划线垂直线覆盖我想摆脱那些恼人的台词。我已经以.png格式保存了，但同样，我得到了同样的行。

我已查看heatmap.2 (gplots package) - how to remove annoying lines in some cells?

使用R 3.0.2

Answer 1

 pdf("hh.pdf")
 library(gplots)
 data = read.table(text="Dat       A        B        C        D        E
 A    100       30.3      0       55.71    45.78
 B     12.85   100       72.85    12.64    98.51
 C      0       27.85   100       82.28     3.07
 D     23.71    30.64    40.28   100        6.33
 E     25.25    85       52.36    36.33   100", header=T, row.names=1)

 heatmap.2(as.matrix(data), tracecol=NA)

Answer 2

知道了：

pdf("test.pdf")
data = read.table("srg.txt", header=T, row.names=1) 
heatmap.2(as.matrix(data), dendrogram=c("row"),density.info="none", trace="none",symm=T)
dev.off()

How to change heatmap.2 color range in R?

Answer 3

我建议也如下使用软件包“ pheatmap”：

pheatmap(as.matrix(data))。

它比ggplots热图2强大得多。

热图R：如何删除虚线

3 个答案: