PCA双标一个变量显示为R.

Question

我在5个不同的样本上对一组45000个基因运行了一个pca，当我执行一个双标图时，我看到的只是一大堆文本（响应观察名称），并且看不到我的样本的位置。有没有办法在双标图中绘制样本的位置，而不是观察点？

使用R

中的内置数据

usa <- USArrests
pca1 <- prcomp(usa)
biplot(pca1)

这会生成一个双标图，其中所有状态（观察名称）与变量（我的不同样本）强奸等重叠。是否可以仅绘制变量（样本），而不是状态（观察名称）？

Answer 1

biplot.default使用text来编写观察的分类变量名称。由于它不使用点，如果您只想绘制点（而不是标签），则需要修改源。

但是，您可以通过执行以下操作来“破解”它：

biplot(pca1, xlabs = rep(".", nrow(usa)))

我希望这就是你要找的东西！

修改如果不满意，您可以修改运行stats:::biplot.default时使用的来源。