row.names X33 X40 X46 X50 X60 X80 X90 X100 X130 X200
INTERGENIC-chrI-188881-G-C 0.37 0.41 0.48 0.45 0.47 0.42 0.45 0.44 0.40 0.36 0.36 0.33 0.39
INTERGENIC-chrI-188939-A-G 0.38 0.48 0.56 0.54 0.57 0.45 0.57 0.51 0.49 0.47 0.41 0.38 0.52
INTERGENIC-chrXIII-191990-A-T 0.14 0.15 0.15 0.22 0.16 0.16 0.15 0.31 0.11 0.23 0.12 0.12 0.19
SDS3-chrIX-202625-T-G 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.35 0.41 0.50 0.53
INTERGENIC-chrVIII-236987-G-A 0.15 0.34 0.28 0.28 0.22 0.12 0.15 0.25 0.27 0.24 0.13 0.13 0.25
INTERGENIC-chrVIII-236993-T-A 0.12 0.25 0.21 0.19 0.17 0.00 0.00 0.18 0.16 0.17 0.08 0.11 0.12
我有一个带有列名的矩阵[34,11]：
row.names X33 X40 X46 X50 X60 X80 X90 X100 X130 X200
第一列row.names需要拆分为单独的列：
GENE, CHROMOSOME, POSITION, REF, ALT (INTERGENIC-chrI-188881-G-C)
我目前正在使用R来获得所需的输出。
library(reshape2)
A <- colsplit(df$row.names, "\\-", names=c("GENE", "CHROMOSOME", "POSITION", "REF", "ALT"))
我想对矩阵中的所有单独行执行此操作。任何人都可以帮我输出一个矩阵，并添加新的列。感谢
答案 0 :(得分：1)
试试这个：
#dummy data
df <- read.table(text="
Variants 33 40 46 50 60 80 90 100 130 200
ASG1-chrIX-103160-C-T 0 0 0 0 0 0.83 0.49 0 0 0
YNL179C-chrXIV-300948-T-A 0.27 0.32 0.24 0.25 0.23 0.22 0.17 0.16 0.2 0.3
",header=TRUE)
#split columns
temp_df <-
do.call(rbind,
strsplit(as.character(df$Variants),split="-"))
colnames(temp_df) <- c("GENE", "CHROMOSOME", "POSITION", "REF", "ALT")
#result
cbind(temp_df,df[,-1])
# GENE CHROMOSOME POSITION REF ALT X33 X40 X46 X50 X60 X80 X90 X100 X130 X200
# 1 ASG1 chrIX 103160 C T 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.83 0.49 0.00 0.0 0.0
# 2 YNL179C chrXIV 300948 T A 0.27 0.32 0.24 0.25 0.23 0.22 0.17 0.16 0.2 0.3
修改
您提供的代码也适用：
#using reshape2
library(reshape2)
A <- colsplit(df$Variants, "\\-", names=c("GENE", "CHROMOSOME", "POSITION", "REF", "ALT"))
#result
cbind(A,df[,-1])