Question

我正在尝试一个Python脚本，它从用户那里获取一系列特定字母（A，C，G，T）并打印A，C＆C，G＆C的百分比＃39; s和T＆＃39; s。

例如，如果用户键入 AGGTGACCCT 那么输出应该是答：20 C：30 G：30 T：20

我对Java很有经验，但对Python很新。我不像在Java中那样使用扫描仪。我试着在参考图书馆中搜索，但无法解决任何问题。

Answer 1

collections.Counter是一个非常方便的工具，值得您学习何时开始使用python。

from collections import Counter

inp = input("Enter letters") # input() if using python 3

l = len(inp.strip()) # get length of input string ,inp.strip() removes any whitespace, just use len(inp) if you want to include

c = Counter(inp)

for char in c:
    c[char] = c[char] * 100 / l  # don't need to cast as float for python 3
print (c)
Counter({'C': 30.0, 'G': 30.0, 'A': 20.0, 'T': 20.0})

有一个模块csv，其DictWriter能够将数据写入文件。

Answer 2

您可以直接从标准输入流sys.stdin中读取，如下所示：

$ cat read.py 
import sys

userin = sys.stdin.read()
print [c for c in userin]

$ python read.py 
HELLO
['H', 'E', 'L', 'L', 'O', '\n']

然后你可以将文本文件传递给stdin，例如：

$ cat input.txt 
HELLO
$ python read.py < input.txt 
['H', 'E', 'L', 'L', 'O', '\n']

或者，如果您想直接阅读文件：

>>> import io
>>> with io.open('input.txt', mode='rb') as f:
...     print [c for c in f.read()]
... 
['H', 'E', 'L', 'L', 'O', '\n']

Answer 3

如果您可以将序列保存在逗号分隔文件（csv）中，那么您可以执行以下操作：

import pandas as pd

sequence = pd.read_csv(file_name)
As = 0
Cs = 0
Gs = 0
Ts = 0
total = len(sequence)

for letter in sequence:
    if letter == 'A':
        As += 1.0
    elif letter == 'C':
        Cs += 1.0
    elif letter == 'G':
        Gs += 1.0
    elif letter == 'T':
        Ts += 1.0

percent_A = As/total
percent_C = As/total
percent_T = As/total
percent_G = As/total

或者：

import pandas as pd

sequence_list = []
sequence = pd.read_csv(file_name)
for letter in sequence:
    sequence_list.append(letter)

As = sequence_list.count('A')
Cs = sequence_list.count('C')
Gs = sequence_list.count('G')
Ts = sequence_list.count('T')

total = len(sequence_list)

percent_A = As/total
percent_C = As/total
percent_T = As/total
percent_G = As/total

这种一般结构也适用于tsvs。

Python存储＆amp;从文本文件打印数据

3 个答案: