Question

我没有得到正确的答案，但我无法弄清楚我的问题在哪里

def GC_content(genetic_string):
    """
    :param genetic_string:
    :return: GC content in percentage
    :testmod

    >>> GC_content("CCACCCTCGTGGTATGGCTAGGCATTCAGGAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGACTGGGAACCTGCGGGCAGTAGGTGGAAT")
    60.919540
    """
    counter = 0.0
    for index in takewhile(lambda x: x is "C" or x is "G", list(genetic_string)):
        counter += 1.0

    return  counter/float(len(genetic_string))

Answer 1

您似乎在寻找：

s = list(genetic_string)
return (s.count('G') + s.count('C')) / float(len(s)) * 100

takewhile只能从迭代（字符串）的开头获取字符，只要给定的条件成立，但您希望查看整个字符串。换句话说，如果你想提出60.919540的结果，takewhile不是很合适。

Answer 2

takewhile无效，因为它只返回所有匹配直到第一次不匹配。

In [8]: gc = 'CCACCCTCGTGGTATGGCTAGGCATTCAGGAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGACTGGGAACCTGCGGGCAGTAGGTGGAAT'

In [9]: list(takewhile(lambda x: x is "C" or x is "G", gc))
Out[9]: ['C', 'C']

Answer 3

您的代码必须看起来像这样才能工作：

from itertools import takewhile

def GC_content(genetic_string):
    """
    :param genetic_string:
    :return: GC content in percentage
    :testmod

    >>> GC_content("CCACCCTCGTGGTATGGCTAGGCATTCAGGAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGACTGGGAACCTGCGGGCAGTAGGTGGAAT")
    60.919540
    """
    counter = 0.0

    for c in list(genetic_string):
        if(c == 'C' or c=='G'):
            counter += 1.0

    return  counter/float(len(genetic_string)) * 100


result = GC_content("CCACCCTCGTGGTATGGCTAGGCATTCAGGAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGACTGGGAACCTGCGGGCAGTAGGTGGAAT")
print(result)    # 60.91954022988506

takewhile返回元素，直到谓词返回＆＃34; FALSE＆＃34;第一次（即计数器只会增加两次 - 第一次＆＃34; CC＆＃34;字母）。要理解存在与使用＆＃34; takewhile＆＃34;

时相同的逻辑代码部分

for c in list(genetic_string):
    if(c == 'C' or c=='G'):
        counter += 1.0
    else:
        break

此外，您忘记将结果乘以100，＆＃34; Is＆＃34;运算符不用于比较值 - 它比较值的类型（检查＆＃34;整数不是字符串＆＃34;例如）

如何在python中使用takeWhile

3 个答案: