我最近安装了cd-hit-otu-illumina-0.0.1。安装似乎已成功完成，因为当我从根目录运行命令时：
cd-hit-otu-illumina-0.0.1/cd-hit-otu-filter.pl
出现了正确的信息，解释了如何运行这个特定的perl脚本。
但是，当我尝试使用以下脚本进行分析时：
cd-hit-otu-illumina-0.0.1/cd-hit-otu-all-single.pl -i Alltrim.fastq -o OTU -c 0.99 -m
true -e 0.00000044
cd-hit运行一段时间甚至会将一些文件生成到我指定的输出目录（OTU）中，但最终会输出此错误：
running command
cd-hit-otu-illumina-0.0.1/cdhit-dup/cd-hit-dup -i OTU/fltd -o OTU/fltd.dup -d 0 -m
false -f true > OTU/dup.log
sh: cd-hit-otu-illumina-0.0.1/cdhit-dup/cd-hit-dup: No such file or directory
can not open OTU/fltd.dup.clstr at cd-hit-otu-illumina-0.0.1/cd-hit-otu-all-single.pl
line 150.
cd-hit似乎在cdhit-dup目录中寻找cdhit-dup-dup但找不到它。然而，当我进去看看时，它应该在哪里。
有没有人对我发生的事情有任何见解？我没有正确指定路径吗？我的样本输入本身似乎并不奇怪。
任何帮助都会受到赞赏，因为cd-hit上的故障排除信息不多。
谢谢！