Ruby脚本很难运行

Question

我在一个名为SequenceScripts的文件夹中有一个.gz文件。 我想解压缩然后在其上运行ruby脚本，重新格式化并将其放入文本文件中。 rubt脚本位于同一文件夹中。 我在Mac上使用终端这样做。

我使用的命令是：

gzcat tbb.fq.gz | ./reformat_sequence_data.rb > SLX-8691.ART03.txt

我得到的回应是：env: ruby\r: No such file or directory

ruby​​脚本以：

开头

#!/usr/bin/env ruby

脚本中没有回车符（选中隐藏字符可见）。 当我从命令行运行ruby -v时，我得到：ruby 2.0.0p247 (2013-06-27 revision 41674) [universal.x86_64-darwin13]

我不知道最近会发生什么但是我怀疑额外的回车可能与它有关但我不知道为什么它在那里。有人可以帮忙吗？

Answer 1

我建议您无论如何都要在其上运行dos2unix或sed：

dos2unix ./reformat_sequence_data.rb
sed -i 's|\r||' ./reformat_sequence_data.rb 

如果您的文件有\r (0D)，则会显示以下命令行：

hexdump -C < ./reformat_sequence_data.rb | grep -w 0d