Question

我正在尝试找到一种工具，使用组合扩展（CE）为两个序列执行结构结构对齐。我发现了一种基于蛋白质数据库提供的组合扩展的工具：http://source.rcsb.org/jfatcatserver/ 但是我想知道是否有任何python模块或类结构来构造我可以实现的对齐。我找到了Bio.PDB的结构Alignment工具，但记录很少。是否有任何python模块或库实现此方法？感谢。

Answer 1

[不适合作为评论]

我怀疑换行存在。你必须在这里抓住你自己的痒：在控制台中试验该命令，然后将它放在subprocess.Popen()中。包装器不会让你失业，例如

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline

muscle_cline = MuscleCommandline(input="opuntia.fasta")
stdout, stderr = muscle_cline()

align = AlignIO.read(stdout, "fasta")

大致相同：

import subprocess

proc = subprocess.Popen(["muscle", "-in", "opuntia.fasta"],
                        stdout=subprocess.PIPE,
                        stderr=subprocess.PIPE)

align = AlignIO.read(proc.stdout, "fasta")

也许如果你把这个代码放在一个更大的应用程序中（比如Bioedit中的外部命令），你可以断言用户输入符合包装命令所期望的值，或者是否存在必需的标志......那就是包装纸闪耀。

使用组合扩展的结构对齐

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