在R中为SuperLearner创建包装器:testAlg $ pred错误

时间:2014-07-27 20:14:48

标签: r

我的代码:

#My test wrapper
SL.test <- function(Y.temp, X.temp, newX.temp, family, ...){
  fit.test <- glm(Y.temp ~ state, data=X.temp, family=family)
  out <- predict(fit.test, newdata=newX.temp, type="response")
  fit <- list(object=fit.test)
  foo <- list(out=out, fit=fit)
  class(foo$fit) <- c("SL.glm")
  return(foo)
}

#My library
SL.library <- list("SL.test")
fit <- SuperLearner(Y=data.samp$y, X=data.samp[, c(2:7, 9:11)], SL.library=SL.library,
              family=binomial(), method="method.NNLS", verbose=TRUE)

错误:

  

out [,s]&lt; - testAlg $ pred出错:要替换的项目数不是替换长度的倍数

如果我用现成的包装填充SL.library,没有问题。例如,以下内容没有错误:

SL.library <- list("SL.glm", "SL.mean")

任何想法都会非常感激。如果有帮助,我的包装器基本上从附录B(第585页)复制到M.J. van der Laan和S. Rose 目标学习:观察和实验数据的因果推理

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

修复很简单。改变

foo <- list(out=out, fit=fit)

foo <- list(pred=out, fit=fit)

做了这个伎俩。显然,SuperLearner现在需要一个包装器来返回两个对象的列表:pred和fit。