这个问题是我试图通过R Markdown和knitr R套件从rmarkdown文档获得创建可重现报告的经验的必然结果。虽然似乎.Rmd => HTML转换是从RStudio（Knit HTML按钮）内自动完成的，但我在RStudio（Rscript -e 'library(rmarkdown); render("knitr-example-slides-1.Rmd")'）之外做同样的尝试失败了，因为根据消息，缺乏pandoc在我的系统上。这很可能是错误的，因为RStudio以某种方式设法执行转换。因此，它很可能是访问和/或路径问题。
如果不了解RStudio维护pandoc的位置以及有关访问权限的详细信息，我自己决定安装 pandoc。不幸的是，由于Ubuntu的sudo apt-get install pandoc存储库（14.04LTS）中当前版本的pandoc为1.12.2.1，因此trusty并没有太大帮助。根据{{1}}的消息，需要1.12.3或更高版本。 ＆＃34;并不是什么大不了的事情＆＃34;，我想过，如果存储库中的版本太旧（http://johnmacfarlane.net/pandoc/installing.html），请按照安装rmarkdown的说明进行操作。这需要安装 Haskell平台，它非常大，输出相当冗长。过了一段时间，我终于遇到了以下失败消息：
pandoc首先，我不确定如何修复它。其次，我非常怀疑应该有一种更简单的方法来享受使用[ 6 of 57] Compiling Text.Pandoc.Readers.TeXMath ( src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs, dist/build/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.o )
src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:30:38:
Ambiguous occurrence `readTeXMath'
It could refer to either `Text.Pandoc.Readers.TeXMath.readTeXMath',
defined at src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:56:1
or `Text.TeXMath.readTeXMath',
imported from `Text.TeXMath' at src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:33:1-19
(and originally defined in `Text.TeXMath.Parser')
Failed to install pandoc-1.12.4.2
cabal: Error: some packages failed to install:
pandoc-1.12.4.2 failed during the building phase. The exception was:
ExitFailure 1
pandoc-citeproc-0.3.1 depends on pandoc-1.12.4.2 which failed to install.
和rmarkdown生成可重现的报告。 您的建议将不胜感激！
更新（参见评论）：
pandoc答案 0 :(得分：6)
基本上，@ daroczig在上面的评论中回答了这个问题，所以我将在这里重复一遍，并在主题问题修复后出现，并在相关的小问题上添加答案。
1）＆＃34; Pandoc的二进制编译版本已经附带RStudio，因此您只需创建一个符号链接，这样您就可以轻松地在RStudio生态系统之外使用它：https://github.com/rstudio/rmarkdown/blob/master/PANDOC.md#newer-systems-debianubuntufedora＆＃34;;
2）我已经修复了错误，在应用上述建议（请参阅我的评论）之后，使用显式包引用：opts_chunk()致电knitr::opts_chunk()，遵循指南在这里：http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_migrating_from_v1.html（感谢@Yihui在另一个问题上向我指出了这个文件：Transitioning research project to knitr-based setup）。