从bash输入输出文件名

Question

我有这个脚本：

#!/bin/bash
FASTQFILES=~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/*.fastq
FASTAFILES=~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/*.fasta
clear
for file in $FASTQFILES
do cat $FASTQFILES | perl -e '$i=0;while(<>){if(/^\@/&&$i==0){s/^\@/\>/;print;}elsif($i==1){print;$i=-3}$i++;}' > ~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/"${FASTQFILES%.*}.fasta"
mv $FASTAFILES ~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/db/

done

我正在尝试抓取$FASTQFILES中定义的文件，执行.fastq到.fasta转换，使用相同的输入文件名命名输出，并将其移至一个新文件夹。例如，~/./DB_files/HELLO.fastq应该转换~/./db/HELLO.fasta

问题是转换的输出是第一个文件夹中名为.fasta的格式正确的隐藏文件，而不是名为HELLO.fasta的预期文件。所以mv没有任何内容。我想我在${FASTQFILES%.*}.fasta论证中搞砸了，但我似乎无法解决它。

Answer 1

我看到三个问题：

1. 您遇到问题的一部分原因是您使用cat $FASTQFILES代替cat $file。

2. 您还需要将该行末尾的I / O重定向修复为> ~/Programs/ncbi-blast-2.2.29+/DB_files/"${file%.fastq}.fasta"。

3. mv命令需要在循环外执行。

事实上，在一次处理单个文件时，您根本不需要使用cat（UUOC - 无用的猫）。只需提供"$file"作为Perl脚本的参数。