Question

我正在尝试使用apache和mod_perl2构建一个在ubuntu机器上运行的简单Web服务。该服务运行mpirun并返回调用的输出。我通过Web浏览器调用apache响应处理程序。问题是mpirun命令似乎挂起了。

重要： 使用apache，mod_perl和openmpi运行Ubuntu（12.04.4）的服务器上会出现此问题。当我在我的Mac（Macos 10.9.3）上运行它时，它工作正常，并返回mpirun。在两台机器上，openmpi安装在相同版本（1.6.5）

中

这是我的mod_perl处理程序：

package MyHandler;
use Apache2::Const '-compile' => 'OK';

sub handler {
        my $command = "mpirun -np 4 echo test";
        my $out = qx($command);
        print $out;
        return Apache2::Const::OK;
}
1;

mpirun工作似乎没有完成。 ps aux | grep mpirun给了我这个：

www-data 24023  0.0  0.1  23600  2424 ?        S    13:02   0:00 mpirun -np 4 echo test

当我执行kilall -9 mpirun时，服务会返回结果。

没有错误写入apache错误日志。

这是我尝试/测试的内容：

确保以用户mpirun -np 4 echo test

www-data

尝试以不同的方式调用mpirun：按照Sergei的建议使用IPC::Run和IPC::Run3，我也尝试使用管道，但每次mpirun都没有完成。
尝试通过perl脚本直接调用处理程序，而不是通过浏览器：mpirun完成，处理程序打印所需的输出。
比较了两台机器上的ompi_info --param mpi all的输出，mac和ubuntu，但没有发现差异

任何想法为什么mpirun会挂在我的情况下，或者知道如何调试它？

修改

我试图按照hrunting的建议使用Apache2::SubProcess。这里的代码遵循链接中的简单示例：

package MyHandler;
use Apache2::SubProcess ();
use Apache2::Const '-compile' => 'OK';
use Apache2::Request;
use Config;
use constant PERLIO_IS_ENABLED => $Config{useperlio};

sub handler {
    my $r = shift;
    my $command = "mpirun -np 4 echo test";
    my ($in_fh, $out_fh, $err_fh) = $r->spawn_proc_prog($command);
    $r->content_type('text/plain');
    my $output = read_data($out_fh);
    my $error  = read_data($err_fh);
    print "output : $output \n";
    print "error : $error \n";
    return Apache2::Const::OK;
}

# helper function to work w/ and w/o perlio-enabled Perl                                                                                                                                                  
sub read_data {
    my ($fh) = @_;
    my $data;
    if (PERLIO_IS_ENABLED || IO::Select->new($fh)->can_read(10)) {
        $data = <$fh>;
    }
    return defined $data ? $data : '';

}
1;

这对我不起作用。从浏览器调用处理程序时，我得到输出：

output :  
error :

和ps aux告诉我mpirun没有运行。

如何进一步了解如何调试此问题并让mpirun使用我的配置？

Answer 1

看看Apache2::SubProcess。当您在mod_perl处理程序中运行外部进程时，Apache内存，I / O和进程管理就会发挥作用。请记住，您的代码在Apache本身内运行，并且受Apache环境的影响。 Apache2::SubProcess模块旨在使exec() - 和system()样式调用在Apache中正常工作。

请注意，模块文档概述了处理不同Perl配置的注意事项。

Answer 2

尝试使用IPC :: Run或IPC :: Run3来运行命令。

Answer 3

Capture::Tiny适合我。我不确定它在mod_perl下是否能正常工作（它可能与请求和响应的文件句柄交互不当）但它作为常规脚本工作正常：

use Capture::Tiny 'capture';

my ( $stdout, $stderr, $exit ) = capture {
    system( qw(mpirun -np 4 echo test) );
};

print "stdout: $stdout\n";
print "stderr: $stderr\n";
print "exit: $exit\n";

打印：

stdout: test
test
test
test

stderr:
exit: 0

用mpirun无法使用apache mod_perl工作

3 个答案: