Question

嗨eveyrone ##。

我遇到了一些我无法解决的问题：目前我正在使用GEOquery包，我想要检索gse文件元数据中的一些信息。

更准确地说，我正在寻找频道标签（例如Cye3）。这是我的代码示例：

>library(GEOquery)
>gse<-getGEO("GSE2253",GSEMatrix=TRUE,destdir=".")
>gse<-gse[[1]]
>gse$label_ch1[1]
 V2 

Levels:  According to Affymetrix protocol (biotin)`

这是我的问题

`> is.na(gse$label_ch1[1])
  V2 
 FALSE 
> is.null(gse$label_ch1[1])
[1] FALSE`

这个GSE文件是一个文本文件，在与标签对应的行中（！Sample_label_ch1）没有任何价值。所以，这就是我为我的工作所做的事情：

`if(is.na(gse$label_ch1[1])){
color<-"Non specified"
} else {
label<-gse$label_ch1[1]
}`

所以，如果我没有获得该频道的信息，我只是说＆＃34;未指定＆＃34;，否则，我返回该值。但我的脚本中的这个if / else语句出错了：

Error in if (file == "") file <- stdout() else if (is.character(file)) { : the length of argument is null

很抱歉，如果错误转换不准确，我的R版本是法语^^。

我试过

if(as.character(gse$label_ch1[1])=="")

但它不起作用

如果有人有想法帮助我^^

提前致谢！

脚本：

sample<-NULL
output<-NULL
gse<-NULL
color<-NULL


series_matrix<-dir(getwd(),pattern="*series_matrix.txt")
series_matrix<-unlist(strsplit(series_matrix,"_")[1])
for(i in 1:length(series_matrix)){

gse<-getGEO(series_matrix[i],GSEMatrix=TRUE,destdir=".")
gse<-gse[[1]]

if(length(gse$label_ch1[1])==0){
 color<-"Non specified"
 } else {
 color<-gse$label_ch1[1]
 }
 print (color)


sample<-cbind(as.character(gse$title),as.character(gse$geo_accession))
outputsample<-paste(getwd(),"/sample.txt",sep="")
write.table(paste("txt",color,sep=""),output,
row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t",quote=FALSE)
write.table(sample,outputsample,
row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t",quote=FALSE,append=TRUE)


Feature_Num<-list(1:length(featureNames(gse)))
Gene_Symbol<-pData(featureData(gse)[,11])
Probe_Name<-pData(featureData(gse)[,1])
Control_Type<-pData(featureData(gse)[,3])
liste<-as.character(sampleNames(gse))
for(i in 1:lenght(liste)){
 values<-cbind(Feature_Num,Gene_Symbol,Probe_name,Control_Type,exprs(gse)[,i])
 colnames(values)<-c("Feature_Num","Gene_Symbol",
 "Probe_Name","Control_Type","gMedianSignal")
 write.table(values,paste(getwd(),"/Ech",liste[i],".txt",sep=""),
 row.names=FALSE,quote=FALSE,sep="\t")
 }
}

如果您想要解释此脚本中的行，请不要犹豫

Answer 1

是的，在R中，您可以创建零长度对象：

 foo<-vector()
 foo
logical(0)

Then change it:  

foo<-NULL
foo
NULL

一开始会让人感到困惑，但如果你曾经拿过一些抽象代数，你可能会记得＆＃34;空集＆＃34;和一个唯一元素是＆＃34;空集的集合。＆＃34;

Answer 2

在其他论坛上询问我终于得到了这个非NULL /非NA问题的解决方案：

gse $ label_ch1 [1]是长度为1的数字

> length(gse$label_ch1[1])
[1] 1

但我们可以在字符中转换这个变量：

> as.character(gse$label_ch1[1])
[1] ""

并使用此行

> nchar(as.character(gse$label_ch1[1]))
[1] 0

我们可以看到我可以看到gse $ label_ch1 [1]值是否真的为空

谢谢大家的帮助！

干杯

R数字变量，非空，非空但是空

嗨eveyrone ##。

2 个答案: