您好我正在将数据推送到矩阵中，因此我可以创建热图。我使用的代码与此处发布的代码相同（http://sebastianraschka.com/Articles/heatmaps_in_r.html）。对于我的一些数据集，当我将数据推入矩阵格式时，由于某些值正在发生变化，我会遇到奇怪的行为。我的一些数据集工作正常，但其他数据集没有，我不确定这种奇怪行为背后的主要区别是什么。
data <- read.csv("mydata.txt", sep="\t", header =TRUE)
rnames <- data[,1]
mat_data <- data.matrix(data[,2:ncol(data)])
rownames(mat_data) <- rnames
现在示例数据帧..
head(data)
1 1.108029 0.42 0.19 0.04 0.47 -0.08 0.47 0.04 0.10
2 1.108029 0.34 0.40 0.25 0.56 -0.08 -0.06 0.11 0.20
3 1.121099 0.1 -0.45 0.11 -0.22 -0.07 -0.40 0.24 -0.17
4 1.123857 0.26 -0.15 0.15 0.31 0.2 -0.24 -0.27 0.40
5 1.129303 0.11 0.13 0.01 -0.11 0.38 0.29 -0.15 -0.18
6 1.135904 0.4 0.07 0.11 0.03 0.6 -0.32 0.14 -0.12
head(mat_data)
tg_q2_rep_A tg_q2_rep_B tg_q2_rep_C tg_q2_rep_D tg_q4_rep_A tg_q4_rep_B tg_q4_rep_C tg_q4_rep_D
1.10802929 70 0.19 0.04 0.47 5 0.47 0.04 0.10
1.1080293 65 0.40 0.25 0.56 5 -0.06 0.11 0.20
1.12109912 49 -0.45 0.11 -0.22 4 -0.40 0.24 -0.17
1.12385707 62 -0.15 0.15 0.31 53 -0.24 -0.27 0.40
1.12930344 50 0.13 0.01 -0.11 65 0.29 -0.15 -0.18
1.1359041 69 0.07 0.11 0.03 69 -0.32 0.14 -0.12
您可以看到rownames已将数字附加到末尾，并且tg_q2_rep_A和tg_q4_rep_A的第一个数据已更改。
如果有人可以建议如何接近这一点，我会很感激。我一直试图解决这个问题：/
修改
根据要求..
> str(data)
'data.frame': 137 obs. of 33 variables:
$ CpG_id.chr.pos.: num 1.11 1.11 1.12 1.12 1.13 ...
$ tg_q2_rep_A : Factor w/ 75 levels "-0.01","-0.02",..: 70 65 49 62 50 69 71 63 57 7 ...
$ tg_q2_rep_B : num 0.19 0.4 -0.45 -0.15 0.13 0.07 0.5 -0.33 0.23 -0.22 ...
$ tg_q2_rep_C : num 0.04 0.25 0.11 0.15 0.01 0.11 0.16 0.03 0.23 -0.32 ...
$ tg_q2_rep_D : num 0.47 0.56 -0.22 0.31 -0.11 0.03 0.31 0.21 0 0.06 ...
$ tg_q4_rep_A : Factor w/ 73 levels "-0.04","-0.05",..: 5 5 4 53 65 69 50 53 59 46 ...
$ tg_q4_rep_B : num 0.47 -0.06 -0.4 -0.24 0.29 -0.32 0.07 -0.23 0.1 -0.09 ...
$ tg_q4_rep_C : num 0.04 0.11 0.24 -0.27 -0.15 0.14 0.14 0.36 0.1 -0.05 ...
$ tg_q4_rep_D : num 0.1 0.2 -0.17 0.4 -0.18 -0.12 0.15 0.18 -0.21 -0.14 ...
$ tg_q6_rep_A : Factor w/ 79 levels "-0.02","-0.03",..: 46 3 7 67 65 77 64 61 41 12 ...
$ tg_q6_rep_B : Factor w/ 87 levels "-0.01","-0.03",..: 68 79 34 11 82 1 63 1 36 32 ...
$ tg_q6_rep_C : num 0.22 0.5 -0.32 0.13 0.24 0.25 0.35 0.07 0.01 -0.44 ...
$ tg_q6_rep_D : Factor w/ 82 levels "-0.04","-0.05",..: 55 50 27 74 71 68 73 61 5 31 ...
$ tg_q8_rep_A : Factor w/ 73 levels "-0.01","-0.02",..: 49 9 2 52 45 50 13 55 48 9 ...
$ tg_q8_rep_B : num 0.05 0.07 -0.31 0.02 0 -0.33 0.03 -0.05 0.08 0.1 ...
$ tg_q8_rep_C : num 0.35 0.5 -0.06 -0.1 0.24 -0.45 -0.27 0.1 0.15 -0.29 ...
$ tg_q8_rep_D : num 0.15 0.08 -0.08 0.31 0.28 0.43 0.41 0.25 -0.05 -0.04 ...
$ tg_w2_rep_A : Factor w/ 72 levels "-0.01","-0.02",..: 49 16 24 66 60 62 62 68 52 49 ...
$ tg_w2_rep_B : num 0.11 0.24 -0.03 -0.43 0.67 -0.13 0.05 -0.4 -0.13 -0.18 ...
$ tg_w2_rep_C : num 0 0.33 -0.09 0 0.12 -0.35 0.06 0.33 0.15 -0.19 ...
$ tg_w2_rep_D : num -0.04 0 -0.03 0.44 0.04 0.23 0.28 0.19 -0.21 -0.17 ...
$ tg_w4_rep_A : Factor w/ 69 levels "-0.0","-0.01",..: 55 58 53 50 52 67 68 63 27 8 ...
$ tg_w4_rep_B : num 0.29 0.63 -0.37 0.09 0.22 -0.21 0.1 -0.14 -0.04 -0.09 ...
$ tg_w4_rep_C : num 0.09 0.13 -0.08 0.17 0.15 -0.33 0 0.38 0.1 -0.62 ...
$ tg_w4_rep_D : num 0.11 0.33 -0.32 0.41 -0.1 0.07 0.23 0.22 0.1 0.06 ...
$ tg_w6_rep_A : Factor w/ 74 levels "-0.01","-0.02",..: 56 45 4 69 59 47 2 40 47 12 ...
$ tg_w6_rep_B : num 0.07 0.13 -0.14 0.15 0.13 -0.17 0.33 0.12 0.07 -0.15 ...
$ tg_w6_rep_C : num 0.13 0.22 0.31 0.08 0.16 -0.33 -0.05 0.43 0.43 -0.06 ...
$ tg_w6_rep_D : num 0.28 0.11 -0.2 0.66 -0.18 0.16 0.26 0.27 0.06 -0.02 ...
$ tg_w8_rep_A : Factor w/ 67 levels "-0.01","-0.02",..: 52 40 37 44 48 61 48 53 39 63 ...
$ tg_w8_rep_B : num 0.3 0.09 -0.22 -0.1 0.14 -0.25 0.1 -0.49 0.19 0.15 ...
$ tg_w8_rep_C : num 0.23 0.27 0.11 -0.25 0.17 -0.13 0.23 0.47 0.33 -0.09 ...
$ tg_w8_rep_D : num -0.04 0.1 -0.25 0.37 -0.09 0.18 0.26 0.2 -0.35 -0.11 ...
答案 0 :(得分：1)
你的rownames的问题在于它们并不是唯一的。 R需要每行的唯一标识符，并且data.frame＆＃34; data＆＃34;中有多个具有相同值的行。当你试图强迫它在第一列rownames中创建值时，它试图使它们成为唯一的，看起来好像它绕过一些数字来完成它。
我不完全确定列tg_q2_rep_A和tg_q4_rep_A会发生什么，但看起来这些值已经转换为排名。如果原始data.frame，data中的那些列的类是＆＃34; factor＆＃34;那么就会发生这种情况。而不是＆＃34;数字＆＃34;。试试这个来检查课程：
sapply(data, class)
例如，如果您在该列中混合了数字和字母，则R会默认将数据类设置为因子。当您将这些列转换为数字格式时，这就是data.matrix（）的作用，输出将是该因子的等级。
当我将数据复制并粘贴到csv文件并将其加载到R中时，我没有为这两列提出相同的问题，但我猜测你还没有给我们那里的所有数据。我弄清楚这一点的第一步是检查列的类。