使用参考基因组
手册： （http://creskolab.uoregon.edu/stacks/manual/#sfiles）
我确实运行了以下命令行：
for FILE in $ (ls /home/llcoutinho/Fabio/samples/bam *.); ref_map.pl the T-7-B-1-b chicken_radtags F2-D "Reference aligned genetic map RAD-Tag Samples"-o /home/llcoutinho/Fabio/samples/-s $ FILE; done
所有输出都存在并可从命令行访问：
batch_1.catalog.alleles.tsv,
batch_1.catalog.snps.tsv,
batch_1.catalog.tags.tsv,
.matches.tsv(sample by sample),
.alleles.tsv(sample by sample),
.snps.tsv(sample by sample),
.tags.tsv (sample by sample),
batch_1.haplotypes,
batch_1.hapstats,
batch_1.markers,
batch_1.phistats,
batch_1.sumstats,
batch_1.sumstats_summary,
batch_1.populations,
ref_map.log
但是当我访问网络时：
/localhost/stacks/index.php?db=chicken_radtags_
显示所有样本输出，但没有信息，完全为空 没有“独特的堆栈”，也没有“找到SNP”