Question

在Ubuntu中，我通过在/usr/lib/R/site-library中指定lib选项来安装目录install.packages()中的所有R包。

但是当我尝试使用install_github()安装R软件包的开发版本时，它总是安装在系统用户的本地存储库中。

.libPaths()有4个目录，包括本地存储库。所以，我有2个问题，

如果我从.libPaths()删除本地存储库，它会安装在任何其他3个存储库中吗？
有没有办法在install_github()中指定安装库路径？

我正在使用Ubuntu 12.04 64bit和R 3.0.1

---------------------- UPDATE ------------------------ --------

无法从.libPaths()
如果我尝试使用 RStudio 中的install_github()进行安装，则会安装在local repository中，因为未指定lib。
如果我尝试使用install_github()作为非root用户进行安装，则会安装在local repository中，因为未指定lib。< / p>
如果我尝试使用install_github()作为 root用户进行安装，则会安装在/usr/local/lib/R/site-library中，因为未指定lib。

是否要指定installation lib？

Answer 1

要在devtools中添加指定的库路径，我们需要使用with_libpaths()

with_libpaths()的参数为with_libpaths(new, code)

以下是使用with_libpaths()，

的示例

library(devtools)
with_libpaths(new = "/usr/lib/R/site-library/", install_github('rCharts', 'ramnathv'))

礼貌：哈德利，here：）

除with_libpaths()以外，devtools::with_something()

还有更多选项

in_dir: working directory
with_collate: collation order
with_envvar: environmental variables
with_libpaths: library paths, replacing current libpaths
with_lib: library paths, prepending to current libpaths
with_locale: any locale setting
with_options: options
with_path: PATH environment variable
with_par: graphics parameters

更多解释here

Answer 2

install_github会将...参数传递给devtools::install。 devtools::install有args个参数。

ARGS
要传递给R CMD安装的其他命令行参数的可选字符向量。这默认为选项＆＃34; devtools.install.args＆＃34;的值。

R CMD install采用库参数

 Options:
  -h, --help            print short help message and exit
  -v, --version         print INSTALL version info and exit
  -c, --clean           remove files created during installation
      --preclean        remove files created during a previous run
  -d, --debug           turn on debugging messages
                        and build a debug DLL
  -l, --library=LIB     install packages to library tree LIB

所以以下内容应该有效：

devtools::install_github("repo", args = c('--library="./mypath/gdfgdg/"'))

然而它似乎没有取代对R CMD install

的调用

"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL  \
  "C:\Users\john\AppData\Local\Temp\RtmpucrXMD/RSelenium_1.3.2.tar.gz"  \
  --library="C:/Users/john/Documents/R/win-library/3.1" --install-tests  \
  --library="C:/Users/john/Desktop/"

Answer 3

这是一种解决方法，但我找到了使用命令行版本R的方法。

从Ubuntu开始：

sudo -i R

技巧（我发现）是使用-i选项

然后从R：

.libPaths()

我的本地R目录没有出现;默认目录是我想要的目录。

然后，我install.packages()或install_github()而不受惩罚。

希望这有帮助，

伊恩

从github存储库安装开发版R包时如何指定lib目录

3 个答案: