Question

我正在开发Hadoop应用程序以处理DICOM文件。这些文件分发在HDFS上。

我正在使用修改后的RecordReader，它读取整个文件并将其内容作为键值对发出。记录阅读器正常工作。

文件的所有文件数据都在ByteWritable值中。我已经检查过，数据完全等于原始文件。因此，inputContent具有与原始文件相同的值。

将ByteWritable转换为字节数组后，我无法将其转换为流并使用imageJ api生成新的DICOM图像及其内容。

如何使用此API进行此操作？

遵循代码示例：

public void inputTester()
    {
        DICOM image;
        Configuration testConf = new Configuration(false);

        /* Reads the local file system */
        testConf.set("fs.default.name", "file:///");

        File testFile = new File("path/to/dicom/file");

        Path path = new Path(testFile.getAbsoluteFile().toURI());
        FileSplit split = new FileSplit(path, 0, testFile.length(), null);

        InputFormat inputFormat = ReflectionUtils.newInstance(WholeFileInputFormat.class, testConf);
        TaskAttemptContext context = new TaskAttemptContextImpl(testConf, new TaskAttemptID());

        try
        {
            RecordReader reader = inputFormat.createRecordReader(split, context);
            while (reader.nextKeyValue())
            {
                /* get the bytes array */
                BytesWritable inputBytesWritable = (BytesWritable) reader.getCurrentValue();
                byte[] inputContent = inputBytesWritable.getBytes();

                InputStream is = new ByteArrayInputStream(inputContent);
                image = new DICOM(is);
            }
        }
        catch (Exception e)
        {

        }

    }
}

Answer 1

实际上我最终解决了这个问题。

问题是，DICOM类的构造函数实际上并不构造带有inputStream的图像。只是保存inputStream有一个属性。

为此，您需要使用run方法，为其提供文件名。

因此，只需要添加以下行：

image.run("DICOM Test");

在行

之后

image = new DICOM(is);

Answer 2

我建议使用DICOM工具包。

DCM4CHE2是一个优秀，成熟，开源，基于Java的选项。在您的情况下，您将使用DicomInputStream来获取所需的DICOM属性。

使用ImageJ API从字节数组转换为DICOM

2 个答案: