Question

我有一个.R文件，其中我为列表中的每个唯一值，呈现了许多不同的.Rmd文件。像这样：

for (uddannelse in unique(c("Monkey","Horse"))) {
  rmarkdown::render("file1.Rmd", output_dir=file.path(getwd(), uddannelse) ,output_file=paste("file1", uddannelse,".html", sep="_"), encoding="UTF-8")
  rmarkdown::render("file2.Rmd", output_dir=file.path(getwd(), uddannelse), output_file=paste("file2", uddannelse,".html", sep="_"), encoding="UTF-8")
}

如渲染参数所示，html输出应该进入列表中每个值的单独文件夹，在上例中：文件夹：“Monkey”和文件夹“Horse”。

每个.Rmd文件都有以下前提（文件转到静态html网站，需要self_contained: false：

---
output:
  html_document:
    theme: readable
    self_contained: false
    lib_dir: pub/libs
    css: pub/libs/custom_css/custom.css
    date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
---

然而：当我调用渲染函数时，我收到了这个错误：

relativeTo（basepath，dir）出错：

路径C：/Users/ac/Dropbox/2014_07_WIP/pub/libs/jquery-1.11.0似乎不是C的后代：/ Users / ac / Dropbox / 2014_07_WIP / Monkey /

所以我想rmarkdwown::render首先创建相对于Rmd文件的lib目录，但期望文件相对于输出文件放置。

我如何解决这个问题，以便我可以在一个文件夹中拥有一组常见的Rmd输入文件，并在不同的文件夹中输出，但共享一个公共的库？

我试图将这样的东西放在前面。

---
output:
  html_document:
    theme: readable
    self_contained: false
    lib_dir: "`r file.path(uddannelse, "libs")`"
    css: "`r file.path(uddannelse, "libs", "custom_css", "custom.css")`"
    date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
---

我收到了这个错误：

  Error in yaml::yaml.load(front_matter) : 

  Parser error: while parsing a block mapping at line 3, column 5did not find expected key at line 5, column 50

Answer 1

我通过传递渲染调用中的一些前端问题来解决我的直接问题：

rmarkdown::render("file1.Rmd", 
                   output_dir=file.path(uddannelse),
                   output_file=paste("file1", uddannelse,".html", sep="_"),
                   output_options=list(html_document = 
                     list(self_contained = FALSE, 
                          lib_dir = file.path(uddannelse, "lib"),
                          css = paste("lib", "custom_css", "custom.css",
                                      sep="/"),
                          include = list(
                            after_body = file.path(uddannelse,
                                                  "footer_w_index.html")))),
                   encoding="UTF-8")

请注意，lib_dir必须与Rmd文件相关，css必须与输出文件相关。

出于某种原因 - 无论我使用paste还是file.path(fsep="/", ...)，输出文件中的css路径都与Windows分隔符（“\”）链接 - 因此无法用于例如Firefox浏览器。

Rmarkdown：不同的输出文件夹，共享库

1 个答案: