Question

我希望这能在一个列表中理解：

for rec in SeqIO.parse(infile2, "fastq"):
    if rec.id+"_RC" in RCList:
        rec.reverse_complement(id=rec.id,description="")
    else:
        rec

这有效：

good_reads = ( rec.reverse_complement(id=rec.id,description="") for rec in SeqIO.parse(infile2, "fastq") if rec.id+"_RC" in RCList )

如果我将else放入此行，则通常会出现无效的语法错误：

（1）读取=（rec.reverse_complement（id = rec.id，description =＆＃34;＆＃34;）for rec in SeqIO.parse（infile2，＆＃34; fastq＆＃34;）if rec .id +＆＃34; _RC＆＃34;在RCList rec中，如果不是rec.id +＆＃34; _RC＆＃34;在RCList中）

或同样如下：

（2）读取=（rec.reverse_complement（id = rec.id，description =＆＃34;＆＃34;）for rec in SeqIO.parse（infile2，＆＃34; fastq＆＃34;）if rec .id +＆＃34; _RC＆＃34;在RCList else（rec））

最后，我使用SeqIO将其写入文件

SeqIO.write（good_reads，infile2 +＆＃34; .RC.fastq＆＃34;，＆＃34; fastq＆＃34;）

上述（1）和（2）中有什么问题？

Answer 1

列表推导和生成器表达式可能有点令人困惑，因为它们使用关键字if，但它与Python中通常的if不同。

Listcomps和genexps具有以下格式：

expression for x in iterable if condition

将评估if condition部分，如果结果为true，将评估expression部分，并且（对于listcomp）该值将显示在新列表中;或者（对于genexp），该值将出现在所产生的值中。但是这里没有else的规定。

您可以使用Python中的三元if完全按照您的要求执行操作。您可以使用以下格式的表达式：

true_expression if condition else false_value

condition将被评估。如果结果为true，则将评估true_expression并返回结果;如果condition的结果为false，则将评估false_value并返回结果。这是一个表达方式。

有些人认为它提高了将三元if括在括号中的可读性：

(true_expression if condition else false_value)

您可以使用上述三元表达式作为listcomp或genexp的expression部分。

所以，你可以像这样使用它：

good_reads = ( rec.reverse_complement(id=rec.id,description="") if rec.id+"_RC" in RCList else rec for rec in SeqIO.parse(infile2, "fastq")  )

另见：

Is it possible to use 'else' in a python list comprehension?

在biopython中使用if / else列出推导

1 个答案: