Question

我有两个名字的文件夹（SRP1234，SRP2345）。每个文件夹都有两个子文件夹（SRX1，SRX2用于SRP1234和SRX3，SRX4用于SRP2345）。每个子文件夹还有4个子文件夹（用于SRX1的SRR1，SRR2，SRR3，SRR4等）每个SRR floder都有一个文件（扩展名为.sra），我必须分析它并将结果放在SRR子文件夹中。但是我无法将结果文件放在SRR子目录中。

以下是我编写的示例代码。

#!/bin/bash
DATA=/home/data/SRA_Data
for run in $DATA/SRP*
do
  fastq-dump -I --split-files ${run}/SRX*/SRR*.sra --outdir $run/SRX*/SRR*
done

EDITED

我不确定我明白你拥有什么，但我认为它是这样的：

 |-SRP1234
 |---SRX1
 |-----SRR1
 |-------file.sra
 |-----SRR2
 |-------file.sra
 |-----SRR3
 |-------file.sra
 |-----SRR4
 |-------file.sra
 |---SRX2
 |-SRP2345
 |---SRX3
 |---SRX4

目前还不清楚（对我来说）SRX2中的内容

Answer 1

使用*通配符输入和输出args可能不是你想要的。简化一下，如果你有三个子目录foo [123]，每个子目录包含一个.sra文件，那么shell扩展就可以这样工作：

fastq-dump --split-files foo*/*.sra --outdir foo*

fastq-dump --split-files foo1/a.sra foo2/b.sra foo3/c.sra --outdir foo1 foo2 foo3

我假设命令对三个输出目录没有任何用处，你真正想要的是：

fastq-dump --split-files foo1/a.sra --outdir foo1
fastq-dump --split-files foo2/b.sra --outdir foo2
fastq-dump --split-files foo3/c.sra --outdir foo3

这是对的吗？

如果是这样，你的循环应该更精细，可能是这样的：

#!/bin/bash
DATA=/home/data/SRA_Data
for directory in $DATA/SRP*/SRX*/SRR*
do
  fastq-dump -I --split-files "${directory}"/*.sra --outdir "${directory}"/
done

如果您确实希望来自多个SRR目录的文件成为每个fastq-dump运行的输入，那么您需要描述要将输出放入哪个目录（目录？）。

如何在bash脚本中将输出文件发送到子目录

1 个答案: