对于特定情况，R中的outer（）函数出错

Question

我有一个尺寸为942 * 50的矩阵X. 我想用高斯RBF内核创建一个亲和度矩阵。即，对于X矩阵中的每对行，我想计算exp（-sigma * norm（x_i-x_j）^ 2）其中x_i和x_j是X矩阵的行，i，j从1：nrow变化（ X）。 我在R中编写代码 下面的R代码会引发错误：

library('kernlab')
rbf <- rbfdot(sigma=15.0563)
func <- function(i,j){return(rbf(X[i,],X[j,]))}
rows <- cols <- 1:nrow(X)
outer(rows,cols,FUN=func)

我收到以下错误： 外部错误（行，列，FUN =有趣）：   dims [product 887364]与对象[2500]

的长度不匹配

Answer 1

Outer期望一个矢量化函数（见?outer）。因此，您的代码应该是：

library('kernlab')
rbf<-rbfdot(sigma=15.0563)
func<-Vectorize(function(i,j){return(rbf(X[i,],X[j,]))})
rows<-1:nrow(X)
cols<-1:nrow(X)
outer(rows,cols,FUN=func)